1. Home
  2. 研究室紹介
  3. 情報統合本部
  4. 基盤研究開発部門

情報統合本部 生命科学データ共有開発ユニット

ユニットリーダー 大浪 修一(D.V.M., Ph.D.)

研究概要

大浪 修一 (D.V.M., Ph.D.)

当開発ユニットは、生命科学分野のオープンサイエンスの推進のため、理研が産出する多種多様な生命科学分野の研究データの集積と、集積したデータの2次利用の推進のための研究開発を行います。理研の全ての生命科学系研究センターの参加の下で、生命科学分野のオープンサイエンスの基盤を構築し、新たなスタイルの生命科学を開拓します。

研究主分野

  • 情報学

研究関連分野

  • 生命・健康・医療情報学
  • システムゲノム科学
  • マルチメディア・データベース
  • 総合生物
  • 生物学
  • 医歯薬学
  • 農学

キーワード

  • オープンサイエンス
  • データ統合
  • 生命科学データ
  • 生物データ科学
  • メタデータ

主要論文

  • 1. Abugessaisa, I., Ramilowski, JA., Lizio, M., Severin, J., Hasegawa, A., Harshbarger, J., Kondo, A., Noguchi, S., Yip, C., Ooi, J., Tagami, M., Hori, F., Agrawal, S., Hon, C., Cardon, M., Ikeda, S., Ono, H., Bono, H., Kato, M., Hashimoto. K., Bonetti. A., Kato, M., Kobayashi, N., Shin, J., de Hoon, M., Hayashizaki, Y., Carninci, P., Kawaji, H., and Kasukawa, T.:
    "FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs"
    Nucleic Acids Research 49, gkaa1054. (2020). doi: 10.1093/nar/gkaa1054:
  • 2. Tsugawa, H., Ikeda, K., Takahashi, M., Satoh, A., Mori, Y., Uchino, H., Okahashi, N., Yamada, Y., Tada, I., Bonini, P., Higashi, Y., Okazaki, Y., Zhou, Z., Zhu, Z., Koelmel, J., Cajka, T., Fiehn, O., Saito, K., Arita, M., and Arita, M.:
    "A lipidome atlas in MS-DIAL 4"
    Nature Biotechnology 38, 1159–1163 (2020). doi: 10.1038/s41587-020-0531-2
  • 3. Tanaka, N., and Masuya, H.:
    "An atlas of evidence-based phenotypic associations across the mouse phenome"
    Scientific Reports 10, 3957 (2020). doi: 10.1038/s41598-020-60891-w
  • 4. Morita, M., Shimokawa, K., Nishimura, M., Nakamura, S., Tsujimura, Y., Takemoto, S., Tawara, T., Yokota, H., Wemler, S., Miyamoto, D., Ikeno, H., Sato, A., Furuichi, T., Kobayashi, N., Okumura, Y., Yamaguchi, Y., and Okamura- Oho, Y.:
    "ViBrism DB: an interactive search and viewer platform for 2D/3D anatomical images of gene expression and co-expression networks"
    Nucleic Acids Research 47(D1), D859-D866 (2019). doi: 10.1093/nar/gky951
  • 5. Kobayashi, N., Kume, S., Lenz, K., and Masuya, H.:
    "RIKEN MetaDatabase: a database platform for health care and life sciences as a microcosm of linked open data cloud"
    International Journal on Semantic Web and Information Systems 14(1), 140-164 (2018). doi: 10.4018/IJSWIS.2018010106
  • 6. Shimogori, T., Abe, A., Go, Y., Hashikawa, T., Kishi, N., Kikuchi, S. S., Kita, Y., Niimi, K., Nishibe, H., Okuno, M., Saga, K., Sakurai, M., Sato, M., Serizawa, T., Suzuki, S., Takahashi, E., Tanaka, M., Tatsumoto, S., Toki, M., U, M., Wang, Y., Windak, K. J., Yamagishi, H., Yamashita, K., Yoda, T., Yoshida, A. C., Yoshida, C., Yoshimoto, T., and Okano, H.:
    "Digital gene atlas of neonate common marmoset brain"
    Neuroscience Research 128, 1-13 (2018). doi: 10.1016/j.neures.2017.10.009
  • 7. Tohsato, Y., Ho, K. H. L., Kyoda, K., and Onami, S.:
    "SSBD: a database of quantitative data of spatiotemporal dynamics of biological phenomena"
    Bioinformatics 32(22), 3471-3479 (2016). doi: 10.1093/bioinformatics/btw417

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

大浪 修一
ユニットリーダー

メンバー

有田 正規
上級研究員
粕川 雄也
上級研究員
小林 紀郎
上級研究員
下郡 智美
上級研究員
桝屋 啓志
上級研究員
横田 秀夫
上級研究員
山縣 友紀
研究員
今泉 武佐史
テクニカルスタッフⅠ
王 放放
テクニカルスタッフⅠ

お問い合わせ先

〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町2-2-3

Email: sonami [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

Top