生命機能科学研究センター 発生動態研究チーム
チームリーダー 大浪 修一(D.V.M., Ph.D.)
研究概要

多細胞生物の発生は時間的空間的に動的な過程です。受精卵と呼ばれる一つの細胞は細胞分裂を繰り返して様々な機能を持つ細胞を作り、それらが特定の位置に配置されることにより、複雑な構造を持つ器官や個体が作られます。このような時間的空間的に動的な過程のメカニズムを理解するためには、現象の定量化と数理モデル化、計算機シミュレーションを組み合わせた定量的計算科学的アプローチが有効です。当研究チームは、分子細胞生物学、生物物理学、ゲノム科学、計算科学、数理科学等の研究手法を統合的に用い、線虫C. elegans胚やマウス胚、立体培養系等をモデル系として発生システムの数理モデルを構築し、多細胞生物の発生のメカニズムの解明を目指します。
研究主分野
- 総合生物
研究関連分野
- 情報学
キーワード
- データ駆動モデリング
- コンピュータ・シミュレーション
- バイオイメージ・インフォマティクス
- 線虫
- データベース
主要論文
「*」は、理研外のみでの成果です。
- 1.
Azuma, Y., Okada, H., and Onami, S.:
"Systematic analysis of cell morphodynamics in C. elegans early embryogenesis"
Frontiers in Bioinformatics 3, 1082531 (2023). doi: 10.3389/fbinf.2023.1082531 - 2.
Shinkai, S., Itoga, H., Kyoda, K., and Onami, S.:
"PHi-C2: interpreting Hi-C data as the dynamic 3D genome state"
Bioinformatics 38(21), 4984-4986 (2022). doi: 10.1093/bioinformatics/btac613 - 3.
Iida, S., Shinkai, S., Itoh, Y., Tamura, S., Kanemaki, M. T., Onami, S., and Maeshima, K.:
"Single nucleosome imaging reveals steady-state motion of interphase chromatin in living human cells"
Science advances 8(22), eabn5626 (2022). doi: 10.1126/sciadv.abn5626 - 4.
Hirata, T., Tohsato, Y., Itoga, H., Shioi, G., Kiyonari, H., Oka, S., Fujimori, T., and Onami, S.:
"NeuroGT: A brain atlas of neurogenic tagging CreER drivers for birthdate-based classification and manipulation of mouse neurons"
Cell Reports Methods 1(3), 100012 (2021). doi: 10.1016/j.crmeth.2021.100012 - 5.
Swedlow, J. R., Kankaanpää, P., Sarkans, U., Goscinski, W., Galloway, G., Malacrida, L., Sullivan, R. P., Härtel, S., Brown, C. M., Wood, C., Keppler, A., Paina, F., Loos, B., Zullino, S., Longo, D. L., Aime, S., and Onami, S.:
"A global view of standards for open image data formats and repositories"
Nature Methods 18(12), 1440-1446 (2021). doi: 10.1038/s41592-021-01113-7 - 6.
Shinkai, S., Nakagawa, M., Sugawara, T., Togashi, Y., Ochiai, H., Nakato, R., Taniguchi, Y., and Onami, S.:
"PHi-C: deciphering Hi-C data into polymer dynamics"
NAR Genomics and Bioinformatics 2(2), lqaa020 (2020). doi: 10.1093/nargab/lqaa020 - 7.
Takayama, J., and Onami, S.:
"The sperm TRP-3 channel mediates the onset of a Ca2+ wave in the fertilized C. elegans oocyte"
Cell Reports 15(3), 625-637 (2016). doi: 10.1016/j.celrep.2016.03.040 - 8.
Tohsato, Y., Ho, K. H. L., Kyoda, K., and Onami, S.:
"SSBD: a database of quantitative data of spatiotemporal dynamics of biological phenomena"
Bioinformatics 32(22), 3471-3479 (2016). doi: 10.1093/bioinformatics/btw417 - 9.
Kyoda, K., Adachi, E., Masuda, E., Nagai, Y., Suzuki, Y., Oguro, T., Urai, M., Arai, R., Furukawa, M., Shimada, K., Kuramochi, J., Nagai, E., and Onami, S.:
"WDDD: Worm developmental dynamics database"
Nucleic Acids Research 41(0), D732-D737 (2013). doi: 10.1093/nar/gks1107 - 10.
Kimura, A., and Onami, S.:
"Computer simulations and image processing reveal length-dependent pulling force as the primary mechanism for C. elegans male pronuclear migration"
Developmental Cell 8, 765-775 (2005). doi: 10.1016/j.devcel.2005.03.007
研究成果(プレスリリース)
2024年12月9日
遺伝子同士の距離変化が発現を調節する新たな仕組みを発見2024年10月31日
画像データの共有がもたらす生命科学の発展2024年6月4日
ゼブラフィッシュ脳遺伝子発現データベースの作製・公開2023年4月6日
転写が盛んなゲノム領域も「塊」を作っていた!2022年6月6日
細胞が成長する過程におけるDNAの「ゆらぎ」をとらえた!2021年5月25日
“誕生日タグづけ”マウスの脳画像データベース「NeuroGT」を公開2020年8月7日
ゲノムの動きをシミュレーションする新手法
関連リンク
- 発生動態研究チーム|生命機能科学研究センター
- 発生動態研究チーム(英語)
- 生命科学データ共有開発ユニット
- 2021年10月26日クローズアップ科学道 研究最前線「データの『共有』で生命科学研究のレベルをジャンプアップ!」
メンバーリスト
主宰者
- 大浪 修一
- チームリーダー
メンバー
- 新海 創也
- 上級研究員
- 菅原 皓
- 研究員
- 畠山 明子
- 研究員
- WEN Chentao
- 基礎科学特別研究員
- 久保田 幸彦
- 客員研究員
- 遠里 由佳子
- 客員研究員
- 糸賀 裕弥
- 技師
- 京田 耕司
- 技師
- MIRANDA Miguel
- 技師
- 尾上 詩織
- リサーチアソシエイト
- 前田 一石
- 研修生
- 岡田 初美
- テクニカルスタッフⅠ
- 古島 理恵
- テクニカルスタッフⅠ
- 山本 春菜
- テクニカルスタッフⅡ
- 萩原 蒼也
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- 人材派遣
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- 人材派遣
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