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生命機能科学研究センター AI生物学研究チーム

チームディレクター 尾崎 遼（Ph.D.）

研究概要

尾崎 遼

私たちは、AI生物学により、生命科学の研究現場に「AIやロボットが当たり前にある日常」をつくることを目指しています。開発・実装や生命科学研究での応用・検証を通じ、AIやロボットといった非人間によって初めてアプローチできる様々な可能性を実証し、さらには理論化・学問化を志向していきます。

研究主分野

  • 複合領域

研究関連分野

  • 情報学
  • 総合生物
  • 生物学
  • 生命、健康および医療情報学関連
  • システムゲノム科学関連

キーワード

  • AI生物学
  • 実験自動化
  • 研究自動化
  • 細胞インフォマティクス

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

  • 1. *Matsuzawa R, Kawahara D, Kashima M, et al.
    "tomoseqr: A Bioconductor package for spatial reconstruction and visualization of 3D gene expression patterns based on RNA tomography."
    PLOS ONE 20(1), e0311296 (2025) doi: 10.1371/journal.pone.0311296
  • 2. *Nakata S, Iwasaki K, Funato H, et al.
    "Neuronal subtype-specific transcriptomic changes in the cerebral neocortex associated with sleep pressure."
    Neuroscience Research 207, 13-25 (2024) doi: 10.1016/j.neures.2024.03.004
  • 3. *Tahara S, Tsuchiya T, Matsumoto H, Ozaki H.
    "Transcription factor-binding k-mer analysis clarifies the cell type dependency of binding specificities and cis-regulatory SNPs in humans."
    BMC Genomics 24(1), 597 (2023) doi: 10.1186/s12864-023-09692-9
  • 4. Arai Y, Takahashi K, Horinouchi T, et al.
    "SAGAS: Simulated annealing and greedy algorithm scheduler for laboratory automation."
    SLAS Technology 28(4), 264-277 (2023) doi: 10.1016/j.slast.2023.03.001
  • 5. *Tsuchiya T, Hori H, Ozaki H.
    "CCPLS reveals cell-type-specific spatial dependence of transcriptomes in single cells."
    Bioinformatics 38(21), 4868-4877 (2022) doi: 10.1093/bioinformatics/btac599
  • 6. Itoh TD, Horinouchi T, Uchida H, et al.
    "Optimal Scheduling for Laboratory Automation of Life Science Experiments with Time Constraints."
    SLAS Technology 26(6), 650-659 (2021) doi: 10.1177/24726303211021790
  • 7. *Minoshima F, Ozaki H, Odaka H, Tateno H.
    "Integrated analysis of glycan and RNA in single cells."
    iScience 24(8), 102882 (2021) doi: 10.1016/j.isci.2021.102882
  • 8. Ozaki H, Hayashi T, Umeda M, Nikaido I.
    "Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets."
    BMC Genomics 21(1), 177 (2020) doi: 10.1186/s12864-020-6542-z

メンバーリスト

主宰者

尾崎 遼
チームディレクター

メンバー

エルハラル 美和
アシスタント

採用情報

募集職種 応募締切
研究員または特別研究員募集（K25001） ポストが決まり次第

お問い合わせ先

〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町6-7-1
融合連携イノベーション推進棟
Email: ai-biology@ml.riken.jp

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