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生命機能科学研究センター 発生エピジェネティクス研究チーム

チームリーダー 平谷 伊智朗(Ph.D.)

研究概要

平谷 伊智朗 (Ph.D.)

生物の遺伝の本体であるゲノムDNAの三次元構造の制御を正しく理解することは、様々なゲノム機能の基礎的理解につながるため、生命科学全般にとって極めて重要ですが、未解明の難題が多く残されています。我々はゲノム三次元構造を良く反映するDNA複製制御を切り口にこれらの難題に挑戦しています。特に、独自開発した1細胞全ゲノム解析法scRepli-seqとゲノム三次元構造の全ゲノム解析法Hi-Cといった先端技術を上手く組み合わせ、発生・分化・疾患の進行過程におけるゲノム三次元構造制御の理解を目指しています。

研究主分野

  • 生物学

研究関連分野

  • 総合生物

キーワード

  • ゲノム三次元構造
  • エピジェネティクス
  • DNA複製タイミング
  • ES細胞分化
  • 1細胞全ゲノム解析技術

主要論文

  • 1. Fukuda K., Shimura C., Miura H., et al.:
    "Regulation of mammalian 3D genome organization and histone H3K9 dimethylation by H3K9 methyltransferases."
    Commun Biol 4:571 (2021)
  • 2. Poonperm R. and Hiratani I.:
    "Formation of a multi-layered 3-dimensional structure of the heterochromatin compartment during early mammalian development."
    Dev Growth Differ 63:5-17 (2021)
  • 3. Miura H., Takahashi S., Shibata T., et al.:
    "Mapping replication timing domains genome wide in single mammalian cells with single-cell DNA replication sequencing."
    Nat Protoc 15:4058-4100 (2020)
  • 4. Kadota M., Nishimura O., Miura H., et al.:
    "Multifaceted Hi-C benchmarking: what makes a difference in chromosome-scale genome scaffolding?"
    Gigascience 9:giz158 (2020)
  • 5. Abdalla M.O.A., Yamamoto T., Maehara K., et al.:
    "The Eleanor ncRNAs activate the topological domain of the ESR1 locus to balance against apoptosis."
    Nat Commun 10:3778 (2019)
  • 6. Miura H., Takahashi S., Poonperm R., et al.:
    "Single-cell DNA replication profiling identifies spatiotemporal developmental dynamics of chromosome organization."
    Nat Genet 51:1356-1368 (2019)
  • 7. Hiratani I. and Takahashi S.:
    "DNA replication timing enters the single-cell era."
    Genes 10:221 (2019)
  • 8. Takahashi S., Miura H., Shibata T., et al.:
    "Genome-wide stability of the DNA replication program in single mammalian cells."
    Nat Genet 51:529-540 (2019)
  • 9. Miura H., Poonperm R., Takahashi S., et al.:
    "Practical analysis of Hi-C data: generating A/B compartment profiles."
    Methods Mol Biol 1861:221-245 (2018)
  • 10. Takahashi S., Kobayashi S., Hiratani I.:
    "Epigenetic differences between naïve and primed pluripotent cells."
    Cell Mol Life Sci 75:1191-1203 (2018)

研究成果(プレスリリース)

刊行物

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

平谷 伊智朗
チームリーダー

メンバー

三浦 尚
上級研究員
POONPERM Rawin
研究員
髙橋 沙央里
研究員
大字 亜沙美
基礎科学特別研究員
上野 明希子
基礎科学特別研究員
谷川 明恵
テクニカルスタッフⅠ
ELUMALAI Jothivanan
研修生
CHOUBANI Linda Jade
国際プログラム・アソシエイト

採用情報

募集職種 応募締切
テクニカルスタッフ募集(DEP2102) ポストが決まり次第
研究員または特別研究員募集(DEP2101) ポストが決まり次第

お問い合わせ先

〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町2-2-3 理研BDR 発生・再生研究棟A 6階
Email: ichiro.hiratani [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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