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生命機能科学研究センター 細胞システム動態予測研究チーム

チームリーダー 城口 克之(Ph.D.)

研究概要

城口 克之 (Ph.D.)

光学顕微鏡1分子観察と次世代シークエンサ関連の手法開発の経験を基に、バイオイメージングとシークエンシングを組み合わせた新しいアプローチの確立を目指しています。1細胞解析用の技術を独自に開発しており、分子バーコード法の開発により、高精度にRNAを定量できるDigital RNA sequencing (dRNA-seq)を実現しています。また、菌の種類を高精度で区別し、1細胞レベルで定量できる、新しい細菌叢解析法も開発しています。これらの技術開発を基盤として、生命システムの理解や医科学への貢献を目指しています。免疫関連の細胞などを対象に、たくさんの共同研究も行っています。

研究主分野

  • 総合生物

研究関連分野

  • 複合領域
  • 総合理工
  • 生物学

キーワード

  • 定量ジェノミクス
  • 1細胞解析
  • デジタル計測
  • シークエンシング
  • バイオイメージング

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

  • 1.Tenno M., Shiroguchi K., Muroi S., Kawakami E., Koseki K., Kryukov K., Imanishi T., Ginhoux F., Taniuchi I.
    "Cbfβ2-deficiency preserves Langerhans cell precursors by lack of selective TGFβ receptor signaling"
    J. Exp. Med. accepted.
  • 2.Suzuki, H. Mitsuno K., Shiroguchi K., Tsugane M., Okano T., Dohi T., Tsuji T.
    "One-step Micromolding of Complex 3D Microchambers for Single-Cell Analysis"
    Lab. Chip. 17, 647-652 (2017).
  • 3.Chen H.*, Shiroguchi K.*, Ge H., Xie X.S.
    "Genome-wide study of mRNA degradation and transcript elongation in E.coli"
    Mol. Syst. Biol. 11, 781 (2015) (*equal contribution)
  • 4.Miyazaki M. Kinosita Jr. K., Shiroguchi K.
    "Accurate polarity control and parallel alignment of actin filaments for myosin-powered transport systems"
    RSC Adv. 3, 8728-8733 (2013)
  • 5.* Shiroguchi K., Jia T.Z., Sims P.A., Xie X.S.
    "Digital RNA sequencing minimizes sequence-dependent bias and amplification noise with optimized single molecule barcodes"
    Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 109, 1347-1352 (2012).
  • 6.* Shiroguchi, K.*, Chin, H.F., Hannemann, D.E., Muneyuki, E., De La Cruz, E.M.*, Kinosita Jr. K.
    "Direct observation of the Myosin Va recovery stroke that contributes to unidirectional stepping along actin"
    PLoS Biol. 9: e1001031 (2011) *Corresponding author.
  • 7.* Shiroguchi K., Kinosita Jr. K.
    "Myosin V walks by lever action and Brownian motion"
    Science, 316, 1208-1212 (2007).
  • 8.城口克之、
    "デジタルRNAシークエンシング: ゲノムワイドな1分子定量法"
    化学と生物 54, 11,787-788 (2016).
  • 9.* 城口克之
    2本足モーター,ミオシンVの脚の動きを見る
    生物物理、49(1) 27-29 (2009).

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

城口 克之
チームリーダー

メンバー

小川 泰策
基礎科学特別研究員
JIN Jianshi
訪問研究員
福原 芳織
テクニカルスタッフⅠ
山本 れいこ
研究支援パートタイマー

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