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バイオリソース研究センター(BRC® 微生物ゲノミクス理研ECL研究ユニット

理研ECL研究ユニットリーダー 按田 瑞恵(Ph.D.)

研究概要

按田 瑞恵

バクテリアの染色体には生存に必須な遺伝子が存在し、プラスミドには薬剤耐性遺伝子など環境に応じて有利に働く遺伝子が存在します。当ユニットでは、この常識に反してリボソームRNA遺伝子が小さなプラスミドのみに存在するバクテリアに焦点を当てています。一見不安定なゲノム構成がどのように安定して維持されるのか、その仕組みと生物学的意義の解明に取り組みます。さらに、研究で見出された新たな例外の一般性を探ることで、微生物ゲノミクスに新しい視点をもたらすことを目指しています。

研究主分野

  • 生物学

研究関連分野

  • 農学
  • 総合生物
  • ゲノム生物学

キーワード

  • プラスミド
  • rRNA遺伝子
  • バイオインフォマティクス
  • 非モデル微生物

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

  • 1. *Masuda, S., Gan, P., Kiguchi, Y., Anda, M., Sasaki, K., Shibata, A., Iwasaki, W., Suda, W., and Shirasu, K.:
    "Uncovering plant microbiomes using long-read metagenomic sequencing"
    Communications Biology, 7, 357. (2024).
  • 2. *Anda, M., Yamanouchi, S., Cosentino, S., Sakamoto, M., Ohkuma, M., Takashima, M., Toyoda, A., and Iwasaki, W.:
    "Bacteria can maintain rRNA operons solely on plasmids for hundreds of millions of years"
    Nature Communications, 14, 7232. (2023).
  • 3. *Hiraoka, S., Okazaki, Y., Anda, M., Toyoda, A., Nakano, S., and Iwasaki, W.:
    "Metaepigenomic analysis reveals the unexplored diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community"
    Nature Communications, 10, 159. (2019).
  • 4. *Le-Ha, T., Le, L., Le-Vo, H., Anda, M., Motooka, D., Nakamura, S., Tran, L.K., Tran, P.T., Iida, T., and Cao, V.:
    "Characterization of a carbapenem- and colistin-resistant Enterobacter cloacae carrying Tn6901 in blaNDM-1 genomic context"
    Infection and Drug Resistance, 12, 733–742. (2019).
  • 5. *Minami, T., Anda, M., Mitsui, H., Sugawara, M., Kaneko, T., Sato, S., Ikeda, S., Okubo, T., Tsurumaru, H., and Minamisawa, K.:
    "Metagenomic analysis revealed methylamine and ureide utilization of soybean-associated Methylobacterium"
    Microbes and Environments, 31, 268–278. (2016).
  • 6. *Anda, M., Ohtsubo, Y., Okubo, T., Sugawara, M., Nagata, Y., Tsuda, M., Minamisawa, M., and Mitsui, H.:
    "Bacterial clade with the ribosomal RNA operon on a small plasmid rather than the chromosome"
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 112, 14343–14347. (2015).
  • 7. *Iida, T., Itakura, M., Anda, M., Sugawara, M., Isawa, T., Okubo, T., Sato, S., Kakizaki, K., and Minamisawa, K.:
    "Symbiosis island shuffling with abundant insertion sequences in the genomes of extra-slow-growing strains of soybean bradyrhizobia"
    Applied and Environmental Microbiology, 81, 4143–4154. (2015).
  • 8. *Bao, Z., Okubo, T., Kubota, K., Kasahara, Y., Tsurumaru, H., Anda, M., Ikeda, S., and Minamisawa, K.:
    "Metaproteomic identification of diazotrophic methanotrophs and their tissue localization in field-grown rice roots"
    Applied and Environmental Microbiology, 80, 5043–5052. (2014).
  • 9. *Anda, M., Ikeda, S., Eda, S., Okubo, T., Sato, S., Tabata, S., Mitsui, H., and Minamisawa, K.:
    "Isolation and genetic characterization of Aurantimonas and Methylobacterium strains from stems of hypernodulated soybeans"
    Microbes and Environments, 26, 172–180. (2011).
  • 10. *Ikeda, S., Anda, M., Inaba, S., Eda, S., Sato, S., Sasaki, S., Tabata, S., Mitsui, H., Sato, T., Shinano, T., and Minamisawa, K.:
    "Autoregulation of nodulation interferes with impacts of nitrogen fertilization levels on leaf-associated bacterial community in soybean"
    Applied and Environmental Microbiology, 77, 1973–1980. (2010).

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

按田 瑞恵
理研ECL研究ユニットリーダー

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募集職種 応募締切
事務パートタイマー募集(25-1954) ポストが決まり次第

お問い合わせ先

〒305-0074 茨城県つくば市高野台3-1-1
Email: mizue.anda@riken.jp

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