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脳神経科学研究センター 脳画像解析開発ユニット

ユニットリーダー SKIBBE Henrik（Dr. rer. nat.）

研究概要

SKIBBE Henrik (Dr. rer. nat.)

脳画像解析開発ユニットは、2光子顕微鏡画像、拡散テンソル画像等のマルチモーダルな脳画像データの解析や処理のために新しい技術を開発します。本ユニットは、神経科学や医学の研究分野の研究者と共同研究しています。領域横断的「革新的技術による脳機能ネットワークの全容解明プロジェクト（革新脳）」の中では、霊長類脳の構造と機能を究明するためにコモンマーモセットサル（新世界ザルの一種）の脳画像データを分析します。

人工知能は現代の画像解析研究において重要な役割を果たしています。特に大規模画像データセットの自動分析にはディープラーニング（深層学習）等の機械学習技術が不可欠です。 脳画像解析開発ユニットは、この分野に貢献するため、ディープラーニング技術を新しいアルゴリズムに統合します。それにより、脳画像データの最先端な画像処理や画像解析を改善します。

研究主分野

  • 情報学

研究関連分野

  • 総合理工
  • 画像処理
  • 深層学習
  • パターン認識
  • 生命・健康・医療情報学
  • 高性能計算
  • ソフトウェア

キーワード

  • 画像解析
  • 深層学習
  • 医用画像や生物画像等の処理
  • 人工ニューラルネットワーク
  • 機械学習

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

  • 1.H. Skibbe, M. Reisert, K. Nakae, A. Watakabe, J. Hata, H. Mizukami, H. Okano, T. Yamamori, S. Ishii.:
    "PAT - Probabilistic Axon Tracking for Densely Labeled Neurons in Large 3D Micrographs"
    IEEE Transactions on Medical Imaging, Volume: 38 Issue: 1, Jan. 2019, pp 69 - 78
  • 2.*H. Skibbe, M. Reisert.:
    "Spherical Tensor Algebra: A Toolkit for 3D Image Processing"
    Journal of Mathematical Imaging and Vision, July 2017, Volume 58, Issue 3, pp 349 - 381
  • 3.*H. Skibbe, M. Reisert, S. Maeda, M. Koyama, S. Oba, K. Ito, S. Ishii.:
    "Efficient Monte Carlo Image Analysis for the Location of Vascular Entity"
    IEEE Transactions on Medical Imaging, Volume: 34 Issue: 2, Feb. 2015, pp 628 - 643
  • 4.*H. Skibbe, M. Reisert, T. Schmidt, T. Brox, O. Ronneberger, H. Burkhardt.:
    "Fast Rotation Invariant 3D Feature Computation utilizing Efficient Local Neighborhood Operators"
    IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, Volume: 34, Issue: 8 , Aug. 2012, pp 1563 - 1575
  • 5.*O. Ronneberger, K. Liu, M. Rath, D. Rues, T. Mueller, H. Skibbe, B. Drayer, T. Schmidt, A. Filippi, R. Nitschke, T. Brox, H. Burkhardt, W. Driever.:
    "ViBE-Z: A Framework for 3D Virtual Colocalization Analysis in Zebrafish Larval Brains"
    Nature Methods volume 9, pages 735 - 742 (2012)
  • 6.*L. Konopleva, K.A. Il'yasov, H. Skibbe, V.G. Kiselev, E. Kellner, B. Dhital, M. Reisert.:
    "Modelfree global tractography"
    NeuroImage, Elsevier, volume 174, pages 576-586, 2018.
  • 7.*H. Skibbe, M. Reisert.:
    "Rotation Covariant Image Processing for Biomedical Applications"
    Computational and Mathematical Methods in Medicine, Special Issue on Mathematical Methods in Biomedical Imaging, Hindawi Publishing Corporation, volume 2013, 2013

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

SKIBBE Henrik
ユニットリーダー

お問い合わせ先

〒351-0198 埼玉県和光市広沢2-1号 脳科学中央研究棟
Email: henrik.skibbe [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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