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生命医科学研究センター 統合ゲノミクス研究チーム

チームリーダー 清田 純(M.D., Ph.D.)

研究概要

清田純(M.D., Ph.D.)

当研究室は、ゲノミクスをはじめとするマルチオミックスと、深層学習・機械学習を組み合わせることにより、生命医科学領域の様々な研究を加速させることを目標としています。この課題の達成のために、1)センター中央支援活動、2)センター内外との戦略的共同研3、2)探索研究、の3つに大別される研究活動を並行して進めています。特に近年急速に進歩した1細胞解析技術とデータ駆動型科学を融合することにより、高解像度での疾患メカニズムの解明や、将来の個別化医療につながる新研究領域の開拓を目指しています。

研究主分野

  • 生物学

研究関連分野

  • 総合生物

キーワード

  • マルチオミックス解析技術開発
  • データ駆動型科学
  • 深層学習

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

  • 1. *Travaglini KJ, Nabhan AN, Penland L, Sinha R, Gillich A, Sit RV, Chang S, Conley SD, Mori Y, Seita J, Berry GJ, Shrager JB, Metzger RJ, Kuo CS, Neff N, Weissman IL, Quake SQ, Krasnow MA.:
    "A molecular cell atlas of the human lung from single cell RNA sequencing"
    Nature 587(7835):619 (2020)
  • 2. Yazaki J, Kawashima Y, Ogawa T, Kobayashi A, Okoshi M, Watanabe T, Yoshida S, Kii I, Egami S, Amagai M, Hosoya T, Shiroguchi K, Ohara O.:
    "HaloTag-based conjugation of proteins to barcoding-oligonucleotides"
    Nucleic Acids Res. 48(2):e8 (2020)
  • 3. Shimizu K, Sato Y, Kawamura M, Nakazato H, Watanabe T, Ohara O, Fujii SI.:
    "Eomes transcription factor is required for the development and differentiation of invariant NKT cells"
    Commun Biol. 2(1):150 (2019)
  • 4. Kawashima Y, Watanabe E, Umeyama T, Nakajima D, Hattori M, Honda K, Ohara O.:
    "Optimization of Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry for Deep and Highly Sensitive Proteomic Analysis"
    Int J Mol Sci. 20(23) 5932 (2019)
  • 5. Kawashima Y, Miyata J, Watanabe T, Shioya J, Arita M, Ohara O.:
    "Proteogenomic Analyses of Cellular Lysates Using a Phenol-Guanidinium Thiocyanate Reagent"
    J Proteome Res. 18(1), 301-308 (2019)
  • 6. Rosental B, Kowarsky M, Seita J, Corey DM, Ishizuka KJ, Palmeri KJ, Chen SY, Sinha R, Okamoto J, Mantalas G, Manni L, Raveh T, Clarke DN, Tsai JM, Newman AM, Neff NF, Nolan GP, Quake SR, Weissman IL, Voskoboynik A.:
    "Complex mammalian-like haematopoietic system found in a colonial chordate”
    Nature. 564(7736) 425 (2018)
  • 7. Kawashima Y, Ohara O.:
    "Development of a NanoLC-MS/MS System Using a Nonporous Reverse Phase Column for Ultrasensitive Proteome Analysis"
    Anal Chem. 90(21), 12334-12338 (2018)
  • 8. Saito Y, Mochizuki Y, Ogahara I, Watanabe T, Hogdal L, Takagi S, Sato K, Kaneko A, Kajita H, Uchida N, Fukami T, Shultz LD, Taniguchi S, Ohara O, Letai AG, Ishikawa F.:
    "Overcoming mutational complexity in acute myeloid leukemia by inhibition of critical pathways"
    Sci Transl Med. 9(413):eaao1214 (2017)
  • 9. Fujiki R, Hijikata A, Shirai T, Okada S, Kobayashi M, Ohara O.:
    "Molecular mechanism and structural basis of gain-of-function of STAT1 caused by pathogenic R274Q mutation"
    J Biol Chem. 292(15):6240-6254 (2017)
  • 10. Yakushiji-Kaminatsui N, Kondo T, Endo TA, Koseki Y, Kondo K, Ohara O, Vidal M, Koseki H.:
    "RING1 proteins contribute to early proximal-distal specification of the forelimb bud by restricting Meis2 expression."
    Development. 143(2), 276-85 (2016)

研究成果(プレスリリース)

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

清田 純
チームリーダー

メンバー

矢崎 潤史
上級研究員
HAN Yongwoon
研究員
遠藤 高帆
技師
渡辺 貴志
技師
望月 芳樹
専門技術員
長谷川 知子
上級テクニカルスタッフ
BARKER Clive Steven
テクニカルスタッフⅠ
小林 敦夫
テクニカルスタッフⅠ
横山 史絵
テクニカルスタッフⅠ
塩屋 樹里
テクニカルスタッフⅠ
桒原 玲子
テクニカルスタッフⅠ
山梨 貴士
研修生

採用情報

募集職種 応募締切
研究員もしくは特別研究員募集(IMS403-2101) ポストが決まり次第

お問い合わせ先

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22

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