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革新知能統合研究センター 遺伝統計学チーム

チームリーダー 田宮 元(Ph.D.)

研究概要

田宮 元 (Ph.D.)

大規模なゲノムデータや生活習慣データ・健康情報、微生物・病原体などのデータ、さらには文献情報など、多種多様なデータを組み合わせたビッグデータを機械学習・人工知能技術に基づく遺伝統計学手法を用いて分析し、複雑でありふれた疾患の要因を探り出します。またそれらを用いて高精度のゲノムリスク予測を可能にし、個別化医療・予防を実現することを目指します。東北メディカルメガバンク機構のような最新のゲノムコホートから産生されるビッグデータを取り扱います。さらに同様の手法を農業・生命科学データにも適用します。

研究テーマ:

  • ゲノムコホート・生命科学ビッグデータの遺伝統計解析

研究主分野

  • 総合生物

研究関連分野

  • 農学
  • 情報学
  • 数物系科学
  • 医歯薬学
  • 人類遺伝学
  • 疫学・予防医学
  • 遺伝育種科学

キーワード

  • ゲノムコホート
  • 遺伝統計学
  • 遺伝子×環境相互作用
  • 機械学習

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

  • 1. Takahashi, Y., Ueki, M., Yamada, M., Tamiya, G., Motoike, I.N., Saigusa, D., Sakurai, M., Nagami, F., Ogishima, S., Koshiba, S., Kinoshita, K., Yamamoto, M., and Tomita, H.:
    "Improved metabolomic data-based prediction of depressive symptoms using nonlinear machine learning with feature selection"
    Translational Psychiatry 10(1): 157 (2020)
  • 2. Yamamoto, Y., Tsuzuki, T., Akatsuka, J., Ueki, M., Morikawa, H., Numata, Y., Takahara, T., Tsuyuki, T., Tsutsumi, K., Nakazawa, R., Shimizu, A., Maeda, I., Tsuchiya, S., Kanno, H., Kondo, Y., Fukumoto, M., Tamiya, G., Ueda, N., and Kimura, G.:
    "Automated acquisition of explainable knowledge from unannotated histopathology images"
    Nature Communications 10: 5642 (2019)
  • 3. Yano, K., Morinaka, Y., Wang, F., Huang, P., Takehara, S., Hirai, T., Ito, A., Koketsu, E., Kawamura, M., Kotake, K., Yoshida, S., Endo, M., Tamiya, G., Kitano, H., Ueguchi-Tanaka, M., Hirano, K., and Matsuoka, M.:
    "GWAS with principal component analysis identifies a gene comprehensively controlling rice architecture"
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116(42): 21262-21267 (2019)
  • 4. Sakurai, R., Ueki, M., Makino, S., Hozawa, A., Kuriyama, S., Takai-Igarashi, T., Kinoshita, K., Yamamoto, M., and Tamiya, G.:
    "Outlier detection for questionnaire data in biobanks"
    International Journal of Epidemiology 48(4): 1305-1315 (2019)
  • 5. *Araki ,Y., Awakawa, T., Matsuzaki, M., Cho, R., Matsuda, Y., Hoshino, S., Shinohara, Y., Yamamoto, M., Kido, Y., Inaoka, D.K., Nagamune, K., Ito, K., Abe, I., and Kita, K.:
    "Complete biosynthetic pathways of ascofuranone and ascochlorin in Acremonium egyptiacum"
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116(17): 8269-8274 (2019)
  • 6. Kuroha, T., Nagai, K., Gamuyao, R., Wang, D.R., Furuta, T., Nakamori, M., Kitaoka, T., Adachi, K., Minami, A., Mori, Y., Mashiguchi, K., Seto, Y., Yamaguchi, S., Kojima, M., Sakakibara, H., Wu, J., Ebana, K., Nobutaka, M., Ohme-Takagi, M., Yanagisawa, S., Yamasaki, M., Yokoyama, R., Nishitani, K., Mochizuki, T., Tamiya, G., McCouch, S.R., and Ashikari, M.:
    "Ethylene-gibberellin signaling underlies adaptation of rice to periodic flooding"
    Science 361(6398): 181-186 (2018)
  • 7. *Ueki, M., and Tamiya, G.:
    "Smooth-threshold multivariate genetic prediction with unbiased model selection"
    Genetic Epidemiology 40(3): 233-243 (2016)
  • 8. *Kuriyama, S., Yaegashi, N., et al. (Tamiya, G.; 11th in 58 authors):
    "The Tohoku Medical Megabank Project: Design and Mission"
    Journal of Epidemiology 26(9): 493–511 (2016)
  • 9. *Tamiya, G., Makino, S., Hayashi, M., Abe, A., Numakura, C., Ueki, M., Tanaka, A., Ito, C., Toshimori, K., Ogawa, N., Terashima, T., Maegawa, H., Yanagisawa, D., Tooyama, I., Tada, M., Onodera, O., and Hayasaka, K.:
    "A mutation of COX6A1 causes a recessive axonal or mixed form of Charcot-Marie-Tooth disease"
    American Journal of Human Genetics 95(3): 294-300 (2014)
  • 10. *Ueki, M., and Tamiya, G.:
    "Ultrahigh-dimensional variable selection method for whole-genome gene-gene interaction analysis"
    BMC Bioinformatics 13(1): 72 (2012)

研究成果(プレスリリース)

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

田宮 元
チームリーダー

メンバー

松崎 素道
研究員
櫻井 利恵子
特別研究員

お問い合わせ先

Email: gen.tamiya [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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