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革新知能統合研究センター 遺伝統計学チーム

チームディレクター 田宮 元(Ph.D.)

研究概要

田宮 元 (Ph.D.)

大規模なゲノムデータや生活習慣データ・健康情報、微生物・病原体などのデータ、さらには文献情報など、多種多様なデータを組み合わせたビッグデータを機械学習・人工知能技術に基づく遺伝統計学手法を用いて分析し、複雑でありふれた疾患の要因を探り出します。またそれらを用いて高精度のゲノムリスク予測を可能にし、個別化医療・予防を実現することを目指します。東北メディカルメガバンク機構のような最新のゲノムコホートから産生されるビッグデータを取り扱います。さらに同様の手法を農業・生命科学データにも適用します。

研究テーマ:

  • ゲノムコホート・生命科学ビッグデータの遺伝統計解析

研究主分野

  • 総合生物

研究関連分野

  • 農学
  • 情報学
  • 数物系科学
  • 医歯薬学
  • 人類遺伝学
  • 疫学・予防医学
  • 遺伝育種科学

キーワード

  • ゲノムコホート
  • 遺伝統計学
  • 遺伝子×環境相互作用
  • 機械学習

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

  • 1. Ojima, T., Namba, S., Suzuki, K., Yamamoto, K., Sonehara, K., Narita, A., Tohoku Medical Megabank Project Study Group, Biobank Japan Project, Kamatani, Y., Tamiya, G., Yamamoto, M., Yamauchi, T., Kadowaki, T., Okada, Y.:
    "Body mass index stratification optimizes polygenic prediction of type 2 diabetes in cross-biobank analyses"
    Nature Genetics 56(6): 1100-1109 (2024)
  • 2. Narumi, S., Nagasaki, K., Kiriya, M., Uehara, E., Akiba, K., Tanase-Nakao, K., Shimura, K., Abe, K., Sugisawa, C., Ishii, T., Miyako, K., Hasegawa, Y., Maruo, Y., Muroya, K., Watanabe, N., Nishihara, E., Ito, Y., Kogai, T., Kameyama, K., Nakabayashi, K., Hata, K., Fukami, M., Shima, H., Kikuchi, A., Takayama, J., Tamiya, G., Hasegawa, T.:
    "Functional variants in a TTTG microsatellite on 15q26.1 cause familial nonautoimmune thyroid abnormalities"
    Nature Genetics 56(5): 869-876 (2024)
  • 3. Nishioka, M., Takayama, J., Sakai, N., Kazuno, A. A., Ishiwata, M., Ueda, J., Hayama, T., Fujii, K., Someya, T., Kuriyama, S., Tamiya, G., Takata, A., Kato, T.:
    "Deep exome sequencing identifies enrichment of deleterious mosaic variants in neurodevelopmental disorder genes and mitochondrial tRNA regions in bipolar disorder"
    Molecular Psychiatry 28(10): 4294-4306 (2023)
  • 4. Takahashi, T., Matsuoka, H., Sakurai, R., Akatsuka, J., Kobayashi, Y., Nakamura, M., Iwata, T., Banno, K., Matsuzaki, M., Takayama, J., Aoki, D., Yamamoto, Y., Tamiya, G.:
    "Development of a prognostic prediction support system for cervical intraepithelial neoplasia using artificial intelligence-based diagnosis"
    Journal of Gynecologic Oncology 33(5): e57 (2022)
  • 5. *Graham, S. E., Clarke, S. L., Wu, K. H., Kanoni, S., ...Tamiya G. et al. (530 authors)
    "The power of genetic diversity in genome-wide association studies of lipids"
    Nature 600(7890): 675-679 (2021)
  • 6. Sakaue, S., Kanai, M., Tanigawa, Y., Karjalainen, J., Kurki, M., Koshiba, S., Narita, A., Konuma, T., Yamamoto, K., Akiyama, M., Ishigaki, K., Suzuki, A., Suzuki, K., Obara, W., Yamaji, K., Takahashi, K., Asai, S., Takahashi, Y., Suzuki, T., Shinozaki, N., Yamaguchi, H., Minami, S., Murayama, S., Yoshimori, K., Nagayama, S., Obata, D., Higashiyama, M., Masumoto, A., Koretsune, Y., FinnGen, Ito, K., Terao, C., Yamauchi, T., Komuro, I., Kadowaki, T., Tamiya, G., Yamamoto, M., Nakamura, Y., Kubo, M., Murakami, Y., Yamamoto, K., Kamatani, Y., Palotie, A., Rivas, M. A., Daly, M. J., Matsuda, K., Okada, Y.:
    "A cross-population atlas of genetic associations for 220 human phenotypes"
    Nature Genetics 53(10): 1415-1424 (2021)
  • 7. Takayama, J., Tadaka, S., Yano K., Katsuoka, F., Gocho, C., Funayama, T., Makino, S., Okamura, Y., Kikuchi, A., Sugimoto, S., Kawashima, J., Otsuki, A., Sakurai-Yageta, M., Yasuda, J., Kure, S., Kinoshita, K., Yamamoto, M., Tamiya G.:
    "Construction and integration of three de novo Japanese human genome assemblies toward a population-specific reference"
    Nature Communications 12(1): 226 (2021)
  • 8. Yano, K., Morinaka, Y., Wang, F., Huang, P., Takehara, S., Hirai, T., Ito, A., Koketsu, E., Kawamura, M., Kotake, K., Yoshida, S., Endo, M., Tamiya, G., Kitano, H., Ueguchi-Tanaka, M., Hirano, K., and Matsuoka, M.:
    "GWAS with principal component analysis identifies a gene comprehensively controlling rice architecture"
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116(42): 21262-21267 (2019)
  • 9. Sakurai, R., Ueki, M., Makino, S., Hozawa, A., Kuriyama, S., Takai-Igarashi, T., Kinoshita, K., Yamamoto, M., and Tamiya, G:.
    "Outlier detection for questionnaire data in biobanks"
    International Journal of Epidemiology 48(4): 1305-1315 (2019)
  • 10. Kuroha, T., Nagai, K., Gamuyao, R., Wang, D.R., Furuta, T., Nakamori, M., Kitaoka, T., Adachi, K., Minami, A., Mori, Y., Mashiguchi, K., Seto, Y., Yamaguchi, S., Kojima, M., Sakakibara, H., Wu, J., Ebana, K., Nobutaka, M., Ohme-Takagi, M., Yanagisawa, S., Yamasaki, M., Yokoyama, R., Nishitani, K., Mochizuki, T., Tamiya, G., McCouch, S.R., and Ashikari, M.:
    "Ethylene-gibberellin signaling underlies adaptation of rice to periodic flooding"
    Science 361(6398): 181-186 (2018)

研究成果(プレスリリース)

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

田宮 元
チームディレクター

メンバー

松岡 光
研究員
櫻井 利恵子
研究員
成田 暁
研究員
渡邉 誠
テクニカルスタッフⅠ
村田 千明
テクニカルスタッフⅠ
五丁 千夏
テクニカルスタッフⅠ
長壁 早弥子
テクニカルスタッフⅡ
KOTSAR Yurii
テクニカルスタッフⅡ
三澤 計治
客員研究員
髙山 順
客員研究員
植木 優夫
客員研究員
鈴木 永久
客員研究員
最相 大輔
客員研究員
城田 松之
客員研究員
柏田 祐樹
研修生
林 龍馬
研修生

お問い合わせ先

Email: gen.tamiya@riken.jp

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