革新知能統合研究センター 遺伝統計学チーム
チームディレクター 田宮 元(Ph.D.)
研究概要

大規模なゲノムデータや生活習慣データ・健康情報、微生物・病原体などのデータ、さらには文献情報など、多種多様なデータを組み合わせたビッグデータを機械学習・人工知能技術に基づく遺伝統計学手法を用いて分析し、複雑でありふれた疾患の要因を探り出します。またそれらを用いて高精度のゲノムリスク予測を可能にし、個別化医療・予防を実現することを目指します。東北メディカルメガバンク機構のような最新のゲノムコホートから産生されるビッグデータを取り扱います。さらに同様の手法を農業・生命科学データにも適用します。
研究テーマ:
- ゲノムコホート・生命科学ビッグデータの遺伝統計解析
研究主分野
- 総合生物
研究関連分野
- 農学
- 情報学
- 数物系科学
- 医歯薬学
- 人類遺伝学
- 疫学・予防医学
- 遺伝育種科学
キーワード
- ゲノムコホート
- 遺伝統計学
- 遺伝子×環境相互作用
- 機械学習
主要論文
「*」は、理研外のみでの成果です。
- 1.
Ojima, T., Namba, S., Suzuki, K., Yamamoto, K., Sonehara, K., Narita, A., Tohoku Medical Megabank Project Study Group, Biobank Japan Project, Kamatani, Y., Tamiya, G., Yamamoto, M., Yamauchi, T., Kadowaki, T., Okada, Y.:
"Body mass index stratification optimizes polygenic prediction of type 2 diabetes in cross-biobank analyses"
Nature Genetics 56(6): 1100-1109 (2024) - 2.
Narumi, S., Nagasaki, K., Kiriya, M., Uehara, E., Akiba, K., Tanase-Nakao, K., Shimura, K., Abe, K., Sugisawa, C., Ishii, T., Miyako, K., Hasegawa, Y., Maruo, Y., Muroya, K., Watanabe, N., Nishihara, E., Ito, Y., Kogai, T., Kameyama, K., Nakabayashi, K., Hata, K., Fukami, M., Shima, H., Kikuchi, A., Takayama, J., Tamiya, G., Hasegawa, T.:
"Functional variants in a TTTG microsatellite on 15q26.1 cause familial nonautoimmune thyroid abnormalities"
Nature Genetics 56(5): 869-876 (2024) - 3.
Nishioka, M., Takayama, J., Sakai, N., Kazuno, A. A., Ishiwata, M., Ueda, J., Hayama, T., Fujii, K., Someya, T., Kuriyama, S., Tamiya, G., Takata, A., Kato, T.:
"Deep exome sequencing identifies enrichment of deleterious mosaic variants in neurodevelopmental disorder genes and mitochondrial tRNA regions in bipolar disorder"
Molecular Psychiatry 28(10): 4294-4306 (2023) - 4.
Takahashi, T., Matsuoka, H., Sakurai, R., Akatsuka, J., Kobayashi, Y., Nakamura, M., Iwata, T., Banno, K., Matsuzaki, M., Takayama, J., Aoki, D., Yamamoto, Y., Tamiya, G.:
"Development of a prognostic prediction support system for cervical intraepithelial neoplasia using artificial intelligence-based diagnosis"
Journal of Gynecologic Oncology 33(5): e57 (2022) - 5.
*Graham, S. E., Clarke, S. L., Wu, K. H., Kanoni, S., ...Tamiya G. et al. (530 authors)
"The power of genetic diversity in genome-wide association studies of lipids"
Nature 600(7890): 675-679 (2021) - 6.
Sakaue, S., Kanai, M., Tanigawa, Y., Karjalainen, J., Kurki, M., Koshiba, S., Narita, A., Konuma, T., Yamamoto, K., Akiyama, M., Ishigaki, K., Suzuki, A., Suzuki, K., Obara, W., Yamaji, K., Takahashi, K., Asai, S., Takahashi, Y., Suzuki, T., Shinozaki, N., Yamaguchi, H., Minami, S., Murayama, S., Yoshimori, K., Nagayama, S., Obata, D., Higashiyama, M., Masumoto, A., Koretsune, Y., FinnGen, Ito, K., Terao, C., Yamauchi, T., Komuro, I., Kadowaki, T., Tamiya, G., Yamamoto, M., Nakamura, Y., Kubo, M., Murakami, Y., Yamamoto, K., Kamatani, Y., Palotie, A., Rivas, M. A., Daly, M. J., Matsuda, K., Okada, Y.:
"A cross-population atlas of genetic associations for 220 human phenotypes"
Nature Genetics 53(10): 1415-1424 (2021) - 7.
Takayama, J., Tadaka, S., Yano K., Katsuoka, F., Gocho, C., Funayama, T., Makino, S., Okamura, Y., Kikuchi, A., Sugimoto, S., Kawashima, J., Otsuki, A., Sakurai-Yageta, M., Yasuda, J., Kure, S., Kinoshita, K., Yamamoto, M., Tamiya G.:
"Construction and integration of three de novo Japanese human genome assemblies toward a population-specific reference"
Nature Communications 12(1): 226 (2021) - 8.
Yano, K., Morinaka, Y., Wang, F., Huang, P., Takehara, S., Hirai, T., Ito, A., Koketsu, E., Kawamura, M., Kotake, K., Yoshida, S., Endo, M., Tamiya, G., Kitano, H., Ueguchi-Tanaka, M., Hirano, K., and Matsuoka, M.:
"GWAS with principal component analysis identifies a gene comprehensively controlling rice architecture"
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116(42): 21262-21267 (2019) - 9.
Sakurai, R., Ueki, M., Makino, S., Hozawa, A., Kuriyama, S., Takai-Igarashi, T., Kinoshita, K., Yamamoto, M., and Tamiya, G:.
"Outlier detection for questionnaire data in biobanks"
International Journal of Epidemiology 48(4): 1305-1315 (2019) - 10.
Kuroha, T., Nagai, K., Gamuyao, R., Wang, D.R., Furuta, T., Nakamori, M., Kitaoka, T., Adachi, K., Minami, A., Mori, Y., Mashiguchi, K., Seto, Y., Yamaguchi, S., Kojima, M., Sakakibara, H., Wu, J., Ebana, K., Nobutaka, M., Ohme-Takagi, M., Yanagisawa, S., Yamasaki, M., Yokoyama, R., Nishitani, K., Mochizuki, T., Tamiya, G., McCouch, S.R., and Ashikari, M.:
"Ethylene-gibberellin signaling underlies adaptation of rice to periodic flooding"
Science 361(6398): 181-186 (2018)
研究成果(プレスリリース)
2024年6月12日
BMI×ゲノムで2型糖尿病の遺伝的リスク予測精度を向上2019年10月17日
イネの収量に関わる遺伝子の同定
関連リンク
メンバーリスト
主宰者
- 田宮 元
- チームディレクター
メンバー
- 松岡 光
- 研究員
- 櫻井 利恵子
- 研究員
- 成田 暁
- 研究員
- 渡邉 誠
- テクニカルスタッフⅠ
- 村田 千明
- テクニカルスタッフⅠ
- 五丁 千夏
- テクニカルスタッフⅠ
- 長壁 早弥子
- テクニカルスタッフⅡ
- KOTSAR Yurii
- テクニカルスタッフⅡ
- 三澤 計治
- 客員研究員
- 髙山 順
- 客員研究員
- 植木 優夫
- 客員研究員
- 鈴木 永久
- 客員研究員
- 最相 大輔
- 客員研究員
- 城田 松之
- 客員研究員
- 柏田 祐樹
- 研修生
- 林 龍馬
- 研修生
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