1. Home
  2. 研究室紹介
  3. 生命医科学研究センター

生命医科学研究センター 統合細胞システム研究チーム

チームリーダー 柚木 克之(Ph.D.)

研究概要

柚木 克之 (Ph.D.)

我々の研究目的は、細胞内代謝およびその制御機構を、生化学反応から成るシステムとして動的・巨視的・定量的に理解することです。このシステムを同定するため、複数のオミクスデータを反応速度論に基づいて統合する「トランスオミクス」の方法論により多階層代謝制御ネットワークを再構築します。オミクスデータを取得するため所謂ウェット実験を行い、データベースや数理モデルを用いたドライ解析によりネットワークを再構築します。最終的に、生化学反応からオミクススケールのシステムに至る論理の鎖を明らかにすることを目指します。

研究主分野

  • 総合生物

研究関連分野

  • 情報学
  • 複合領域
  • 数物系科学
  • 生物学
  • システムゲノム科学

キーワード

  • 代謝
  • システム生物学
  • トランスオミクス
  • 反応速度論
  • 数理モデル

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

  • 1. Quek, L.E., Krycer, J.R., Ohno, S., Yugi, K., Fazakerley, D.J., Scalzo, R., Elkington, S.D., Dai, Z,, Hirayama, A., Ikeda, S., Shoji, F., Suzuki, K., Locasale, J.W., Soga, T., James, D.E., and Kuroda, S.:
    "Dynamic 13C Flux Analysis Captures the Reorganization of Adipocyte Glucose Metabolism in Response to Insulin"
    iScience 23(2), 100855 (2020).
  • 2. Yugi, K., Ohno, S., Krycer, J.R., James, D.E., and Kuroda, S.:
    "Rate-oriented trans-omics: integration of multiple omic data on the basis of reaction kinetics"
    Curr. Opin. Syst. Biol. 15, 109-120 (2019).
  • 3. †Kawata, K., †Hatano, A., †Yugi, K., Kubota, H., Sano, T., Fujii, M., Tomizawa, Y., Kokaji, T., Tanaka, K.Y., Uda, S., Suzuki, Y., Matsumoto, M., Nakayama, K.I., Saitoh, K., Kato, K., Ueno, A., Ohishi, M., Hirayama, A., Soga, T., and Kuroda, S.:
    "Trans-omic analysis reveals selective responses to induced and basal insulin across signaling, transcriptional, and metabolic networks"
    iScience 7, 212-229 (2018) (Cover Article; † These authors contributed equally).
  • 4. Yugi, K., and Kuroda, S.:
    "Metabolism as a signal generator across trans-omic networks at distinct time scales"
    Curr. Opin. Syst. Biol. 8, 59-66 (2018).
  • 5. †Krycer, J.R., †Yugi, K., Hirayama, A., Fazakerley, D.J., Quek, L.E., Scalzo, R., Ohno, S., Hodson, M.P., Ikeda, S., Soji, F., Suzuki, K., Domanova, W., Parker, B.K., Nelson, M.E., Humphrey, S.J., Turner, N., Hoehn, K.L., Cooney, G.J., Soga, T., Kuroda, S., and James, D.E.:
    "Dynamic metabolomics reveals that insulin primes the adipocyte for glucose metabolism"
    Cell Rep. 21(12), 3536-3547 (2017) († These authors contributed equally).
  • 6. Yugi, K., and Kuroda, S.:
    "Metabolism-Centric Trans-Omics"
    Cell Syst. 4(1), 19-20 (2017).
  • 7. *Yugi, K., Kubota, H., Hatano, A., and Kuroda, S.:
    "Trans-Omics: How To Reconstruct Biochemical Networks Across Multiple ‘Omic’ Layers"
    Trends Biotechnol. 34(4), 276-290 (2016) (Cover Article).
  • 8. *†Yugi, K., †Kubota, H., Toyoshima, Y., Noguchi, R., Kawata, K., Komori, Y., Uda, S., Kunida, K., Tomizawa, Y., Funato, Y., Miki, H., Matsumoto, M., Nakayama, K.I., Kashikura, K., Endo, K., Ikeda, K., Soga, T., and Kuroda, S.:
    "Reconstruction of insulin signal flow from phosphoproteome and metabolome data"
    Cell Rep. 8(4), 1171-1183 (2014) († These authors contributed equally).
  • 9. *Noguchi, R., Kubota, H., Yugi, K., Toyoshima, Y., Komori, Y., Soga, T., and Kuroda, S.:
    "The selective control of glycolysis, gluconeogenesis and glycogenesis by temporal insulin patterns"
    Mol. Syst. Biol. 9, 664 (2013).
  • 10. *Ishii, N., Nakahigashi, K., Baba, T., Robert, M., Soga, T., Kanai, A., Hirasawa, T., Naba, M., Hirai, K., Hoque, A., Ho, P.Y., Kakazu, Y., Sugawara, K., Igarashi, S., Harada, S., Masuda, T., Sugiyama, N., Togashi, T., Hasegawa, M., Takai, Y., Yugi, K., Arakawa, K., Iwata, N., Toya, Y., Nakayama, Y., Nishioka, T., Shimizu, K., Mori, H., and Tomita, M.:
    "Multiple high-throughput analyses monitor the response of E. coli to perturbations"
    Science 316(5824), 593-7 (2007).

研究成果(プレスリリース)

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

柚木 克之
チームリーダー

メンバー

津川 智子
テクニカルスタッフⅠ

お問い合わせ先

〒230-0045 神奈川県横浜市鶴見区末広町1-7-22 N407
Email: katsuyuki.yugi [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

Top