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情報統合本部 医療データ深層学習チーム

チームリーダー 清田 純(M.D., Ph.D.)

研究概要

清田純(M.D., Ph.D.)

当研究室では、医療・健康データへの深層学習の応用を研究しています。時系列データを用いた未来の健康状態の予測、各種センサーデータや画像データからの身体状態の推定、深層生成モデルを用いた医療データの生成やプライバシー保護などが主な研究テーマです。

研究主分野

  • 複合領域

研究関連分野

  • 情報学
  • 総合生物
  • 生物学
  • 医歯薬学

キーワード

  • 深層学習
  • システムバイオロジー
  • システム医学

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

  • 1. Nonaka N, Seita J.:
    "In-depth Benchmarking of Deep Neural Network Architectures for ECG Diagnosis."
    Machine Learning for Health Care 2021.
  • 2. Koga T, Ema R, Hirose K, Seita J.:
    "Human and GAN collaboration to create haute couture dress."
    Machine Learning for Creativity and Design Workshop at NeurIPS 2019.
  • 3. Nonaka N, Seita J.:
    "Demographic Information Initialized Stacked Gated Recurrent Unit for an Early Prediction of Sepsis."
    PhysioNet Computing in Cardiology Challenge 2019
  • 4. Koga T, Nonaka N, Sakuma J, Seita J.:
    "General-to-Detailed GAN for Infrequent Class Medical Images."
    Machine Learning for Health (ML4H) Workshop at NeurIPS 2018.
  • 5. Ambrosi TH, Marecic O, McArdle A, Sinha R, Gulati GS, Tong X, Wang Y, Steininger HM, Hoover MY, Koepke LS, Murphy MP, Sokol J, Seo EY, Tevlin R, Lopez M, Brewer RE, Mascharak S, Lu L, Ajanaku O, Conley SD, Seita J, Morri M, Neff NF, Sahoo D, Yang F, Weissman IL, Longaker MT, Chan CKF.:
    "Aged skeletal stem cells generate an inflammatory degenerative niche."
    Nature. 2021 Sep;597(7875):256-262.
  • 6. Rosental B, Kowarsky M, Seita J, Corey DM, Ishizuka KJ, Palmeri KJ, Chen SY, Sinha R, Okamoto J, Mantalas G, Manni L, Raveh T, Clarke DN, Tsai JM, Newman AM, Neff NF, Nolan GP, Quake SR, Weissman IL, Voskoboynik A.:
    "Complex mammalian-like haematopoietic system found in a colonial chordate."
    Nature. 2018 Dec;564(7736):425-429.
  • 7. *Seita J*, Beerman I*, Inlay M, Weissman IL, Rossi DJ.:
    "Quiescent hematopoietic stem cells accumulate DNA damage during aging that is repaired upon entry into cell cycle."
    Cell Stem Cell 2014 Jul 3;15(1)
  • 8. *Seita J, Sahoo D, Rossi DJ, Battacharya D, Serwold T, Inlay MA, Ehrlich LIR, Fathman JW, Dill DL, Weissman IL.:
    "Gene Expression Commons: an open platform for absolute gene expression profiling."
    PLoS ONE 2012;7(7)
  • 9. *Seita J* , Ji H*, Ehrlich LI* (equal contribution), Murakami P, Doi A, Lindau P, Lee H, Aryee MJ, Irizarry RA, Kim K, Rossi DJ, Inlay MA, Serwold T, Karsunky H, Ho L, Daley GQ, Weissman IL, Feinberg AP.:
    "Comprehensive methylome map of lineage commitment from haematopoietic progenitors."
    Nature. 2010 Sep 16;467(7313)
  • 10. *Kim K, Doi A, Wen B, Ng K, Zhao R, Cahan P, Kim J, Aryee MJ, Ji H, Ehrlich LI, Yabuuchi A, Takeuchi A, Cunniff KC, Hongguang H, McKinney-Freeman S, Naveiras O, Yoon TJ, Irizarry RA, Jung N, Seita J, Hanna J, Murakami P, Jaenisch R, Weissleder R, Orkin SH, Weissman IL, Feinberg AP, Daley GQ.:
    "Epigenetic memory in induced pluripotent stem cells."
    Nature. 2010 Sep 16:467 (7313)

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

清田 純
チームリーダー

メンバー

野中 尚輝
研究員
HO THANH Cédric
特別研究員
幡谷 龍一郎
特別研究員
千田 篤
客員研究員
前田 朗
客員研究員
下川 真理子
客員研究員
宮坂 藍
研修生
田中 風帆
研修生
山梨 貴士
研修生
木南 武
研修生
藤平 遼
研究パートタイマーⅠ
加藤 浩介
研究パートタイマーⅠ
福地 清康
研究パートタイマーⅡ
須賀 幹太
研究パートタイマーⅡ
西尾 萌波
研究パートタイマーⅡ
小柴 稔輝
研究パートタイマーⅡ
滝波 俊平
研究パートタイマーⅡ

お問い合わせ先

〒103-0027 東京都中央区日本橋1-4-1 日本橋一丁目三井ビルディング15階
Tel: 03-6225-2246
Email: jun.seita [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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