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情報統合本部 医療データ深層学習チーム

チームリーダー 清田 純(M.D., Ph.D.)

研究概要

清田 純 (M.D., Ph.D.)

近年の情報通信技術(ICT)の急激な進歩によるデジタル・トランスフォーメーションやオープンイノベーションの実現、研究機器のIoT化・スマートラボ化に伴い、研究で産出されるデータを用いた横断的な情報科学が重要になっています。また、グローバルな競争力を持つとともに研究所外の知識や技術を積極的に取り込むオープンイノベーションの取組としてオープンサイエンスを推進する必要があります。
そこで、理化学研究所では、情報研究を中心に他分野へと幅広く広がる研究組織を目指し、理研内の全分野を含む情報研究者ネットワークの構築、ハブとして先端的データサイエンスをはじめとした情報研究、情報技術で支援・連携する研究開発等を実施する予定です。
当研究室は、上記構想の元、医療・健康データへの深層学習の応用を研究しています。時系列データを用いた未来の健康状態の予測、各種センサーデータや画像データからの身体状態の推定、深層生成モデルを用いた医療データの生成やプライバシー保護などが主な研究テーマです。

研究主分野

  • 複合領域

研究関連分野

  • 情報学
  • 総合生物
  • 生物学
  • 医歯薬学

キーワード

  • 深層学習
  • システムバイオロジー
  • システム医学

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

  • 1. Koga T, Ema R, Hirose K, Seita J.:
    "Human and GAN collaboration to create haute couture dress."
    Machine Learning for Creativity and Design Workshop at NeurIPS 2019.
  • 2. Nonaka H, Seita J.:
    "Demographic Information Initialized Stacked Gated Recurrent Unit for an Early Prediction of Sepsis."
    PhysioNet Computing in Cardiology Challenge 2019
  • 3. Koga T, Nonaka N, Sakuma J, Seita J.:
    "General-to-Detailed GAN for Infrequent Class Medical Images."
    Machine Learning for Health (ML4H) Workshop at NeurIPS 2018.
  • 4. Rosental B, Kowarsky M, Seita J, Corey DM, Ishizuka KJ, Palmeri KJ, Chen SY, Sinha R, Okamoto J, Mantalas G, Manni L, Raveh T, Clarke DN, Tsai JM, Newman AM, Neff NF, Nolan GP, Quake SR, Weissman IL, Voskoboynik A.:
    "Complex mammalian-like haematopoietic system found in a colonial chordate."
    Nature. 2018 Dec 5.
  • 5. Tsai JM, Sinha R, Seita J, Fernhoff N, Christ S, Koopmans T, Krampitz GW, McKenna KM, Xing L, Sandholzer M, Sales JH, Shoham M, McCracken M, Joubert LM, Gordon SR, Poux N, Wernig G, Norton JA, Weissman IL, Rinkevich Y.:
    "Surgical adhesions in mice are derived from mesothelial cells and can be targeted by antibodies against mesothelial markers."
    Sci Transl Med. 2018 Nov 28;10(469)
  • 6. Chan C, Gulati G, Sinha R, Tompkins J, Lopez M, Carter A, Ransom R, Reinisch A, Wearda T, Murphy M, Brewer R, Koepke L, Marecic O, Manjunath A, Seo EY, Leavitt T, Lu WJ, Nguyen A, Conley S, Salhotra A, Ambrosi T, Borrelli M, Siebel T, Chan K, Schallmoser K, Seita J, Sahoo D, Goodnough H, Bishop J, Gardner M, Majeti R, Wan D, Goodman S, Weissman IL, Chang H, Longaker M.:
    "Identification of the Human Skeletal Stem Cell."
    Cell 2018 Sep 20; 175(1): 43-56.
  • 7. *Seita J*, Beerman I*, Inlay M, Weissman IL, Rossi DJ.:
    "Quiescent hematopoietic stem cells accumulate DNA damage during aging that is repaired upon entry into cell cycle."
    Cell Stem Cell 2014 Jul 3;15(1)
  • 8. *Seita J, Sahoo D, Rossi DJ, Battacharya D, Serwold T, Inlay MA, Ehrlich LIR, Fathman JW, Dill DL, Weissman IL.:
    "Gene Expression Commons: an open platform for absolute gene expression profiling."
    PLoS ONE 2012;7(7)
  • 9. *Seita J* , Ji H*, Ehrlich LI* (equal contribution), Murakami P, Doi A, Lindau P, Lee H, Aryee MJ, Irizarry RA, Kim K, Rossi DJ, Inlay MA, Serwold T, Karsunky H, Ho L, Daley GQ, Weissman IL, Feinberg AP.:
    "Comprehensive methylome map of lineage commitment from haematopoietic progenitors."
    Nature. 2010 Sep 16;467(7313)
  • 10. *Kim K, Doi A, Wen B, Ng K, Zhao R, Cahan P, Kim J, Aryee MJ, Ji H, Ehrlich LI, Yabuuchi A, Takeuchi A, Cunniff KC, Hongguang H, McKinney-Freeman S, Naveiras O, Yoon TJ, Irizarry RA, Jung N, Seita J, Hanna J, Murakami P, Jaenisch R, Weissleder R, Orkin SH, Weissman IL, Feinberg AP, Daley GQ.:
    "Epigenetic memory in induced pluripotent stem cells."
    Nature. 2010 Sep 16:467 (7313)

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

清田 純
チームリーダー

メンバー

野中 尚輝
研究員
千田 篤
客員研究員
下川 真理子
客員研究員
加藤 浩介
大学院生リサーチ・アソシエイト
宮坂 藍
研修生
滝波 俊平
研修生
河野 有紗
研究パートタイマーⅡ
山梨 貴士
研究パートタイマーⅡ
福地 清康
研究パートタイマーⅡ
須賀 幹太
研究パートタイマーⅡ
西尾 萌波
研究パートタイマーⅡ

採用情報

募集職種 応募締切
研究パートタイマー募集(W21052) ポストが決まり次第
研究員または特別研究員募集(W20284) ポストが決まり次第

お問い合わせ先

〒103-0027 東京都中央区日本橋1-4-1 日本橋一丁目三井ビルディング15階
Tel: 03-6225-2246
Email: jun.seita [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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