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バイオリソース研究センター（BRC^®）統合情報開発室

室長桝屋啓志（Ph.D.）

English Page

研究概要

「情報なくしてリソースの価値なし」と表されるように、バイオリソースが科学の基盤として機能するために「情報」は必要不可欠な要素です。統合情報開発室では、バイオリソースを研究や産業分野に広く効果的かつ効率的に利活用するために、ゲノム情報、表現型情報、利活用情報をはじめとしたリソースの関連情報を記述・統合する情報技術開発行います。また、生命科学分野の大規模データ解析技術の開発を行うことでリソースの新たな利活用を拓き、ホームページやデータベースを通して、バイオリソース情報を世界に発信します。

研究主分野

情報学

研究関連分野

複合領域
人文学
総合理工
数物系科学
工学
総合生物
生物学
農学
医歯薬学
知能情報学
生命・健康・医療情報学
数理情報学

キーワード

情報統合
オントロジー
セマンティックウェブ
数理情報学
統計解析

主要論文

1. Kadoya T, Suzuki K, and Terui A
"Linking energetic instability to compositional changes in biological communities"
PNAS in press (2025)
2. Nobusada T, Yip CW, Agrawal S, Severin J, Abugessaisa I, Hasegawa A, Hon CC, Ide S, Koido M, Kondo A, Masuya H, Oki S, Tagami M, Takada T, Terao C, Thalhath N, Walker S, Yasuzawa K, Shin JW, De Hoon MJL, Carninci P, Kawaji H, and Kasukawa T
"Update of the FANTOM web resource: enhancement for studying noncoding genomes"
Nucleic acids research, 53(D1), D419–D424. (2025)
doi: 10.1093/nar/gkae1047
3. Kyoda, K., Itoga, H., Yamagata, Y., Fujisawa, E., Wang, F., Miranda-Miranda, M., Yamamoto, H., Nakano, Y., Tohsato, Y., & Onami, S
"SSBD: an ecosystem for enhanced sharing and reuse of bioimaging data"
Nucleic acids research, 53(D1), D1716–D1723. (2025)
doi:10.1093/nar/gkae860
4. Yamagata Y, Kushida T, Onami S and Masuya H
"Homeostasis imbalance process ontology: a study on COVID-19 infectious processes."
BMC Medical Informatics and Decision Making, 23 Supplement 4, (2024)
doi: 10.1186/s12911-024-02516-0
5. Yamagata Y, Fukuyama T, Onami S and Masuya H
"Prototyping an Ontological Framework for Cellular Senescence Mechanisms: A Homeostasis Imbalance Perspective."
Scientific Data, 11, Article number: 485, (2024)
doi: 10.1038/s41597-024-03331-y
6. Kumaishi K, Usui E, Suzuki K, Kobori S, Sato T, Toda Y, Takanashi H, Shinozaki S, Noda M, Takakura A, Matsumoto K, Yamasaki Y, Tsujimoto H, Iwata H, Ichihashi Y
"High throughput method of 16S rRNA gene sequencing library preparation for plant root microbial community profiling"
Scientific Reports, 12(1), 1-10, (2022).
doi:10.1038/s41598-022-23943-x
7. Suzuki K, Matsuzaki SS, Masuya H
"Decomposing predictability to identify dominant causal drivers in complex ecosystems"
PNAS, 119 (42) e220440511 (2022)
doi:10.1073/pnas.2204405119
8. Takada T, Fukuta K, Usuda D, Kushida T, Kondo S, Kawamoto S, Yoshiki A, Obata Y, Fujiyama A, Toyoda A, Noguchi H, Shiroishi T, Masuya H
"MoG+: a database of genomic variations across three mouse subspecies for biomedical research., Mammalian Genome"
Mammalian Genome. 33, 31-43 (2021)
doi:10.1007/s00335-021-09933-w
9. Suzuki K, Nakaoka S, Fukuda S, Masuya H
"Energy landscape analysis elucidates the multistability of ecological communities across environmental gradients"
Ecological Monographs.(2021)
10. Masuya H, Usuda D, Nakata H, Yuhara N, Kurihara K, Namiki Y, Iwase S, Takada T, Tanaka N, Suzuki K, Yamagata Y, Kobayashi N, Yoshiki A, Kushida T
"Establishment and application of information resource of mutant mice in RIKEN BioResource Research Center"
Laboratory Animal Research. 37(6), (2021)