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バイオリソース研究センター 統合情報開発室

室長 桝屋 啓志(Ph.D.)

研究概要

桝屋 啓志 (Ph.D.)

「情報なくしてリソースの価値なし」と表されるように、バイオリソースが科学の基盤として機能するために「情報」は必要不可欠な要素です。統合情報開発室では、バイオリソースを研究や産業分野に広く効果的かつ効率的に利活用するために、ゲノム情報、表現型情報、利活用情報をはじめとしたリソースの関連情報を記述・統合する情報技術開発行います。また、生命科学分野の大規模データ解析技術の開発を行うことでリソースの新たな利活用を拓き、ホームページやデータベースを通して、バイオリソース情報を世界に発信します。

研究主分野

  • 情報学

研究関連分野

  • 複合領域
  • 人文学
  • 総合理工
  • 数物系科学
  • 工学
  • 総合生物
  • 生物学
  • 農学
  • 医歯薬学
  • 知能情報学
  • 生命・健康・医療情報学
  • 数理情報学

キーワード

  • 情報統合
  • オントロジー
  • セマンティックウェブ
  • 数理情報学
  • 統計解析

主要論文

  • 1.Nobuhiko Tanaka and Hiroshi Masuya.:
    "Mouse phenome as a biological resource"
    Impact, Volume 2018, Number 12, December 2018, pp. 93-95(3)
  • 2.Kobayashi N, Kume S, Lenz K, Masuya H.:
    "RIKEN MetaDatabase: A Database Platform for Health Care and Life Sciences as a Microcosm of Linked Open Data Cloud"
    Int. J. Semantic Web Inf. Syst. 14(1) 140-164 (2018)
  • 3.Rozman J, Rathkolb B, Oestereicher MA, Schütt C, Ravindranath AC, Leuchtenberger S, Sharma S, Kistler M, Willershäuser M, Brommage R, Meehan TF, Mason J, Haselimashhadi H; IMPC Consortium, Hough T, Mallon AM, Wells S, Santos L, Lelliott CJ, White JK, Sorg T, Champy MF, Bower LR, Reynolds CL, Flenniken AM, Murray SA, Nutter LMJ, Svenson KL, West D, Tocchini-Valentini GP, Beaudet AL, Bosch F, Braun RB, Dobbie MS, Gao X, Herault Y, Moshiri A, Moore BA, Kent Lloyd KC, McKerlie C, Masuya H, Tanaka N, Flicek P, Parkinson HE, Sedlacek R, Seong JK, Wang CL, Moore M, Brown SD, Tschöp MH, Wurst W, Klingenspor M, Wolf E, Beckers J, Machicao F, Peter A, Staiger H, Häring HU, Grallert H, Campillos M, Maier H, Fuchs H, Gailus-Durner V, Werner T, Hrabe de Angelis M.:
    "Identification of genetic elements in metabolism by high-throughput mouse phenotyping.
    Nat Commun. 18;9:288. doi: 10.1038/s41467-017-01995-2. (2018)"
  • 4.Bowl MR, Simon MM, Ingham NJ, Greenaway S, Santos L, Cater H, Taylor S, Mason J, Kurbatova N, Pearson S, Bower LR, Clary DA, Meziane H, Reilly P, Minowa O, Kelsey L; International Mouse Phenotyping Consortium(as a collaborator of the consortium), Tocchini-Valentini GP, Gao X, Bradley A, Skarnes WC, Moore M, Beaudet AL, Justice MJ, Seavitt J, Dickinson ME, Wur st W, de Angelis MH, Herault Y, Wakana S, Nutter LMJ, Flenniken AM, McKerlie C, Murray SA, Svenson KL, Braun RE, West DB, Lloyd KCK, Adams DJ, White J, Karp N, Flicek P, Smedley D, Meehan TF, Parkinson HE, Teboul LM, Wells S, Steel KP, Mallon AM, Brown SDM.:
    "A large scale hearing loss screen reveals an extensive unexplored genetic landscape for auditory dysfunction."
    Nat Commun. 8 :886. doi: 10.1038/s41467-017-00595-4. (2017)
  • 5.Karp NA, Mason J, Beaudet AL, Benjamini Y, Bower L, Braun RE, Brown SDM, Chesler EJ, Dickinson ME, Flenniken AM, Fuchs H, Angelis MH, Gao X, Guo S, Greenaway S, Heller R, Herault Y, Justice MJ, Kurbatova N, Lelliott CJ, Lloyd KCK, Mallon AM, Mank JE, Masuya H, McKerlie C, Meehan TF, Mott RF, Murray SA, Parkinson H, Ramirez-Solis R, Santos L, Seavitt JR, Smedley D, Sorg T, Speak AO, Steel KP, Svenson KL; International Mouse Phenotyping Consortium, Wakana S, West D, Wells S, Westerberg H, Yaacoby S, White JK.:
    "Prevalence of sexual dimorphism in mamma lian phenotypic traits."
    Nat Commun. 8:15475. doi: 10.1038/ncomms15475. (2017)
  • 6.Yamaguchi A, Kozaki K, Yamamoto Y,Masuya H and Kobayashi N.:
    "LOD Surfer API: Web API for LOD Surfing Using Class-Class Relationships in Life Sciences."
    Proceedings of the 10th International Conference on Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences (SWAT4LS 2017), Rome, Italy, December 4-7, (2017).
  • 7.Kobayashi N, Kume S, Masuya H.:
    "Metadata-driven Interdisciplinary Research Projects Using RIKEN MetaDatabase."
    Proceedings of the 10th International Conference on Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences (SWAT4LS 2017), Rome, Italy, December 4-7, (2017)
  • 8.Yamaguchi A, Kozaki K, Lenz K, Yamamoto Y, Masuya H, Kobayashi N.:
    "Semantic Data Acquisition by Traversing Class-Class Relationships over the Linked Open Data"
    Semantic Technology:JIST2016, 10055, 136-151 DOI: 10.1007/978-3-319-50112-3_11 (2016)
  • 9.Kimura M, Ichimura S, Sasaki K, Masuya H, Suzuki T, Wakana S, Ikegawa S, Furuichi T.:
    "Endoplasmic reticulum stress-mediated apoptosis contributes to a skeletal dysplasia resembling platyspondylic lethal skeletal dysplasia, Torrance type, in a novel Col2a1 mutant mouse line."
    Biochem Biophys Res Commun. 468:86-91. doi: 10.1016/j.bbrc.2015.10.160. (2015)
  • 10.Maier H, Schütt C, Steinkamp R, Hurt A, Schneltzer E, Gormanns P, Lengger C, Griffiths M, Melvin D, Agrawal N, Alcantara R, Evans A, Gannon D, Holroyd S, Kipp C, Raj NP, Richardson D, LeBlanc S, Vasseur L, Masuya H, Kobayashi K, Suzuki T, Tanaka N, Wakana S, Walling A, Clary D, Gallegos J, Fuchs H, de Angelis MH, Gailus-Durner V.:
    "Principles and application of LIMS in mouse clinics."
    Mamm Genome. 9-10:467-481. doi: 10.1007/s00335-015-9586-7. Review. (2015)

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

桝屋 啓志
室長

お問い合わせ先

〒305-0074 茨城県つくば市高野台3-1-1
筑波研究所 情報微生物棟 113
Tel: 029-829-9112
Fax: 029-836-9337

hiroshi.masuya [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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