当サイトは、Javascriptを使用しています。Javascriptを無効にして閲覧した場合、コンテンツが正常に動作しないおそれやページが表示されない場合があります。当サイトをご利用の際には、Javascriptを有効にして閲覧下さい。

放射光科学研究センター生命系放射光利用システム開発チーム

チームリーダー山本雅貴（Ph.D.）

English Page

研究概要

生命系放射光利用システム開発チームは、SPring-8において、高難度タンパク質からの結晶構造解析に向けた装置や迅速回折強度データ収集システム構築等のビームライン利用技術の研究開発を進めています。また、超高輝度マイクロビームビームラインである理研ターゲットタンパクビームライン（BL32XU）をはじめ、計４本の構造生物学研究用ビームライン(BL26B1&B2, BL38B1)の管理・運転も行っています。さらに、SACLAの超高輝度・短パルス性能を利用した無損傷結晶構造解析やクライオX線回折イメージング等の生命科学研究の推進を目指した手法開発も行っています。

研究主分野

生物学

研究関連分野

工学
農学
医歯薬学
構造生物化学
生物物理学
量子ビーム科学

キーワード

放射光ビームライン
タンパク質結晶構造解析
生体高分子小角散乱
コヒーレント回折イメージング

主要論文

1. Abe, S., Tanaka, J., Kojima, M., Kanamaru, S., Hirata, K., Yamashita, K., Kobayashi, A., and Ueno, T.:
"Cell-free protein crystallization for nanocrystal structure determination"
Scientific reports 12, 16031 (2022).
2. Imaizumi, Y., Takanuki, K., Miyake, T., Takemoto, M., Hirata, K., Hirose, M., Oi, R., Kobayashi, T., Miyoshi, K., Aruga, R., Yokoyama, T., Katagiri, S., Matsuura, H., Iwasaki, K., Kato, T., Kaneko, M.K., Kato, Y., Tajiri, M., Akashi, S., Nureki, O., Hizukuri, Y., Akiyama, Y., and Nogi, T.:
"Mechanistic insights into intramembrane proteolysis by E. coli site-2 protease homolog RseP"
Science Advances 8, eabp9011 (2022).
3. Kwon, H., Basran, J., Pathak, C., Hussain, M., Freeman, S.L., Fielding, A.J., Bailey, A.J., Stefanou, N., Sparkes, H.A., Tosha, T., Yamashita, K., Hirata, K., Murakami, H., Ueno, G., Ago, H., Tono, K., Yamamoto, M., Sawai, H., Shiro, Y., Sugimoto, H., Raven, E., and Moody, P.C.E.:
"XFEL Crystal Structures of Peroxidase Compound II"
Angewandte Chemie International Edition 60 (26) ,14578-14585 (2021).
4. Maeki, M., Ito, S., Takeda, R., Ueno, G., Ishida, A., Tani, H., Yamamoto, M., and Tokeshi, M.:
"Room-temperature crystallography using a microfluidic protein crystal array device and its application to protein-ligand complex structure analysis"
Chemical Science 11, 9072-9087 (2020).
5. Nakasako, M., Kobayashi, A., Takayama, Y., Asakura, K., Oide, M., Okajima, K., Oroguchi, T., and Yamamoto, M.:
"Methods and application of coherent X-ray diffraction imaging of noncrystalline particles"
Biophysical reviews 12(2), 541-567 (2020).
6. Suga, M., Akita, F., Yamashita, K., Nakajima, Y., Ueno, G., Li, H., Yamane, T. Hirata, K., Umena, Y., Yonekura, S., Yu, L.-J., Murakami, H., Nomura, T., Kimura, T., Kubo, M., Baba, S., Kumasaka, T., Tono, K., Yabashi, M., Isobe, H., Yamaguchi, K., Yamamoto, M., Ago, H., and Shen, J.-R.:
"An oxyl/oxo mechanism for oxygen-oxygen coupling in PSII revealed by an x-ray free-electron laser"
Science, 366, 334-338 (2019).
7. Basu, S., Olieric, V., Leonarski, F., Matsugaki, N., Kawano, Y., Takashi, T., Huang, C.-Y., Yamada, Y., Vera, L., Olieric, N., Basquin, J., Wojdyla, J. A., Bunk, O., Diederichs, K., Yamamoto, M., and Wang, M.:
"Long-wavelength native-SAD phasing: opportunities and challenges"
IUCrJ 6, 373-386 (2019).
8. Hirata, K., Yamashita, K., Ueno. G., Kawano Y., Hasegawa, K., Kumasaka, T., and Yamamoto, M.:
"ZOO: an automatic data-collection system for high-throughput structure analysis in protein microcrystallography"
Acta Crystallographica Section D 75, 138-150 (2019).
9. Yamashita, K., Hirata, K., and Yamamoto, M.:
"KAMO: towards automated data processing for microcrystals"
Acta Crystallographica Section D 74, 441-449 (2018).
10. Hasegawa, K., Yamashita, K., Murai, T. Nuemket,N., Hirata, K., Ueno, G., Ago, H., Nakatsu, T., Kumasaka, T., and Yamamoto. M.:
"Development of a dose-limiting data collection strategy for serial synchrotron rotation crystallography"
Journal of Synchrotron Radiation 24 (1), 29-41 (2017).