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革新知能統合研究センターがん探索医療研究チーム

チームリーダー浜本隆二（Ph.D.）

English Page

研究概要

近年の遺伝子解析技術の発展は生物学以外でも様々な分野に影響を与え、医療分野では、現在クリニカルシークエンスデータを中心にしたPrecision Medicineの確立が推進されています。当チームは人工知能技術を用いてがんに関する多種多様なデータをマルチモーダルに解析することによりがんの本態を解明し、がんの診断・治療及び創薬へと発展させていきます。

研究テーマ:

機械学習・深層学習技術を用いたがん組織におけるヒストン修飾解析
機械学習・深層学習技術を用いた医療画像解析
機械学習・深層学習技術を用いたがんのオミックス解析

研究主分野

分子生物 & 遺伝学

研究関連分野

生物学 & 生化学
免疫学
臨床医学
コンピューター科学

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

1. Ryuji Hamamoto, Masaaki Komatsu, Ken Takasawa, Ken Asada, Syuzo Kaneko.:
"Epigenetics Analysis and Integrated Analysis of Multiomics Data, Including Epigenetic Data, Using Artificial Intelligence in the Era of Precision Medicine."
Biomolecules 10, 62 (2020)
2. Masayoshi Yamada, Yutaka Saito, Hitoshi Imaoka, Masahiro Saiko, Shigemi Yamada, Hiroko Kondo, Hiroyuki Takamaru, Taku Sakamoto, Jun Sese, Aya Kuchiba, Taro Shibata, Ryuji Hamamoto.:
"Development of a real-time endoscopic image diagnosis support system using deep learning technology in colonoscopy."
Scientific Reports 9, 14465 (2019)
3. Yusuke Matsuno, Yuko Atsumi, Atsuhiro Shimizu, Kotoe Katayama, Haruka Fujimori, Mai Hyodo, Yusuke Minakawa, Yoshimichi Nakatsu, Syuzo Kaneko, Ryuji Hamamoto, Teppei Shimamura, Satoru Miyano, Teruhisa Tsuzuki, Fumio Hanaoka, Ken-ichi Yoshioka.:
"Replication stress triggers microsatellite destabilization and hypermutation leading to clonal expansion in vitro."
Nature Communications 10, 3925 (2019)
4. *Ryuji Hamamoto, Vassiliki Saloura, Yusuke Nakamura.:
"Critical roles of non-histone protein lysine methylation in human tumorigenesis."
Nature Reviews Cancer, 15, 110-124 (2015)
5. *Kenbun Sone, Lianhua Piao, Makoto Nakakido, Koji Ueda, Thomas Jenuwein, Yusuke Nakamura, Ryuji Hamamoto.:
"Critical role of lysine 134 methylation on histone H2AX for γ-H2AX production and DNA repair."
Nature Communications, 5, 5691 (2014)
6. *Hyun-Soo Cho, Tadahiro Shimazu, Gouji Toyokawa, Yataro Daigo, Yoshihiko Maehara, Shinya Hayami, Akihiro Ito, Ken Masuda, Noriko Ikawa, Helen I. Field, Eiju Tsuchiya, Shin-ichi Ohnuma, Bruce A.J. Ponder, Minoru Yoshida, Yusuke Nakamura, Ryuji Hamamoto.:
"Enhanced HSP70 lysine methylation promotes proliferation of cancer cells through activation of aurora kinase B."
Nature Communications, 3, 1072 (2012)
7. *Kyohei Arita, Shin Isogai, Takashi Oda, Motoko Unoki, Kazuya Sugita, Naotaka Sekiyama, Keiko Kuwata, Ryuji Hamamoto, Hidehito Tochio, Mamoru Sato, Mariko Ariyoshi, Masahiro Shirakawa.:
"Recognition of modification status on a histone H3 tail by linked histone reader modules of UHRF1."
Proc Natl Acad Sci USA, 109, 12950-12955 (2012)
8. *Gouji Toyokawa, Ken Masuda, Yataro Daigo, Hyun-Soo Cho, Masanori Yoshimatsu, Masashi Takawa, Shinya Hayami, Kazuhiro Maejima, Makoto Chino, Helen I. Field, David E. Neal, Eijyu Tsuchiya, Bruce A.J. Ponder, Yoshihiko Maehara, Yusuke Nakamura, Ryuji Hamamoto.:
"Minichromosome Maintenance Protein 7 is a potential therapeutic target in human cancer and a novel prognostic marker of non-small cell lung cancer."
Molecular Cancer, 10, 65 (2011)
9. *Shinya Hayami, Masanori Yoshimatsu, Abhimanyu Veerakumarasivam, Motoko Unoki, Yukiko Iwai, Tatsuhiko Tsunoda, Helen I. Field, John D. Kelly, David E. Neal, Hiroki Yamaue, Bruce A.J. Ponder, Yusuke Nakamura, Ryuji Hamamoto.:
"Over-expression of the JmjC histone demethylase KDM5B in human carcinogenesis: involvement in the proliferation of cancer cells through the E2F/RB pathway."
Molecular Cancer, 9, 59 (2010)
10. *Ryuji Hamamoto, Yoichi Furukawa, Masashi Morita, Yumiko Iimura, Fabio Pittella Silva, Meihua Li, Ryuichiro Yagyu, Yusuke Nakamura.:
"SMYD3 encodes a histone methyltransferase involved in the proliferation of cancer cells."
Nature Cell Biology, 6, 731-740 (2004)