環境資源科学研究センター メタボローム情報研究チーム
チームリーダー 有田 正規（D.Sc.）
研究概要
当チームではメタボロームの定量データ解析、ネットワーク解析、シミュレーションに必要な基盤ソフトウェアの開発を行っています。また、未知代謝産物にも柔軟に対応できるデータベースを構築しています。開発したソフトウェアは他チームにおいて集積したメタボローム、トランスクリプトームデータに応用し、植物のシステム的理解を実現します。
研究主分野
- 複合領域
研究関連分野
- 総合理工
- 総合生物
キーワード
- ゲノム
- データベース
- メタボローム
- アルゴリズム
主要論文
- 1.
Tsugawa H, Nakabayashi R, Mori T, Yamada Y, Takahashi M, Rai A, Sugiyama R, Yamamoto H, Nakaya T, Yamazaki M, Kooke R, Bac-Molenaar JA, Oztolan-Erol N, Keurentjes JJB, Arita M, Saito K.
"A cheminformatics approach to characterize metabolomes in stable-isotope-labeled organisms"
Nature Methods, 16(4), 295-298 (2019) - 2.
Tsugawa H, Ikeda K, Takahashi M, Satoh A, Mori Y, Uchino H, Okahashi N, Yamada Y, Tada I, Bonini P, Higashi Y, Okazaki Y, Zhou Z, Zhu ZJ, Koelmel J, Cajka T, Fiehn O, Saito K, Arita M, Arita M.
"A lipidome atlas in MS-DIAL 4"
Nature Biotechnology, 38(10), 1159-1163 (2020) - 3.
Koistinen V, Kärkkäinen O, Keski-Rahkonen P, Tsugawa H, Scalbert A, Arita M, Wishart D, Hanhineva K.
"Towards a Rosetta stone for metabolomics: recommendations to overcome inconsistent metabolite nomenclature"
Nature Metabolism, 5(3), 351-354 (2023) - 4.
Moseley HNB, Rocca-Serra P, Salek RM, Arita M, Schymanski EL.
"InChI isotopologue and isotopomer specifications."
Journal of Cheminformatics, 16(1), 54 (2024)
研究成果（プレスリリース）
2020年6月16日
生命の脂質多様性を解明
2019年3月29日
情報科学で生体内の多様なメタボロームを包括的に解明
2017年11月28日
未開拓の代謝物を次世代メタボローム解析により発見
2015年5月5日
生体内の低分子化合物を網羅的に捉える解析プログラムを開発
関連リンク
メンバーリスト
主宰者
- 有田 正規
- チームリーダー
メンバー
- TONG Xin
- 基礎科学特別研究員
- 中迎 菖平
- 特別研究員
- 高橋 みき子
- テクニカルスタッフⅠ
- 山田 豊
- テクニカルスタッフⅠ
採用情報
| 募集職種 | 応募締切 |
|---|---|
| テクニカルスタッフⅠ募集（Y24062） | ポストが決まり次第 |
| 研究パートタイマー募集（CSRS-2320） | ポストが決まり次第 |