革新知能統合研究センター 遺伝統計学チーム
チームリーダー 田宮 元(Ph.D.)
研究概要
大規模なゲノムデータや生活習慣データ・健康情報、微生物・病原体などのデータ、さらには文献情報など、多種多様なデータを組み合わせたビッグデータを機械学習・人工知能技術に基づく遺伝統計学手法を用いて分析し、複雑でありふれた疾患の要因を探り出します。またそれらを用いて高精度のゲノムリスク予測を可能にし、個別化医療・予防を実現することを目指します。東北メディカルメガバンク機構のような最新のゲノムコホートから産生されるビッグデータを取り扱います。さらに同様の手法を農業・生命科学データにも適用します。
研究テーマ:
- ゲノムコホート・生命科学ビッグデータの遺伝統計解析
研究主分野
- 総合生物
研究関連分野
- 農学
- 情報学
- 数物系科学
- 医歯薬学
- 人類遺伝学
- 疫学・予防医学
- 遺伝育種科学
キーワード
- ゲノムコホート
- 遺伝統計学
- 遺伝子×環境相互作用
- 機械学習
主要論文
「*」は、理研外のみでの成果です。
- 1.
Takahashi, Y., Ueki, M., Yamada, M., Tamiya, G., Motoike, I.N., Saigusa, D., Sakurai, M., Nagami, F., Ogishima, S., Koshiba, S., Kinoshita, K., Yamamoto, M., and Tomita, H.:
"Improved metabolomic data-based prediction of depressive symptoms using nonlinear machine learning with feature selection"
Translational Psychiatry 10(1): 157 (2020) - 2.
Yamamoto, Y., Tsuzuki, T., Akatsuka, J., Ueki, M., Morikawa, H., Numata, Y., Takahara, T., Tsuyuki, T., Tsutsumi, K., Nakazawa, R., Shimizu, A., Maeda, I., Tsuchiya, S., Kanno, H., Kondo, Y., Fukumoto, M., Tamiya, G., Ueda, N., and Kimura, G.:
"Automated acquisition of explainable knowledge from unannotated histopathology images"
Nature Communications 10: 5642 (2019) - 3.
Yano, K., Morinaka, Y., Wang, F., Huang, P., Takehara, S., Hirai, T., Ito, A., Koketsu, E., Kawamura, M., Kotake, K., Yoshida, S., Endo, M., Tamiya, G., Kitano, H., Ueguchi-Tanaka, M., Hirano, K., and Matsuoka, M.:
"GWAS with principal component analysis identifies a gene comprehensively controlling rice architecture"
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116(42): 21262-21267 (2019) - 4.
Sakurai, R., Ueki, M., Makino, S., Hozawa, A., Kuriyama, S., Takai-Igarashi, T., Kinoshita, K., Yamamoto, M., and Tamiya, G.:
"Outlier detection for questionnaire data in biobanks"
International Journal of Epidemiology 48(4): 1305-1315 (2019) - 5.
*Araki ,Y., Awakawa, T., Matsuzaki, M., Cho, R., Matsuda, Y., Hoshino, S., Shinohara, Y., Yamamoto, M., Kido, Y., Inaoka, D.K., Nagamune, K., Ito, K., Abe, I., and Kita, K.:
"Complete biosynthetic pathways of ascofuranone and ascochlorin in Acremonium egyptiacum"
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116(17): 8269-8274 (2019) - 6.
Kuroha, T., Nagai, K., Gamuyao, R., Wang, D.R., Furuta, T., Nakamori, M., Kitaoka, T., Adachi, K., Minami, A., Mori, Y., Mashiguchi, K., Seto, Y., Yamaguchi, S., Kojima, M., Sakakibara, H., Wu, J., Ebana, K., Nobutaka, M., Ohme-Takagi, M., Yanagisawa, S., Yamasaki, M., Yokoyama, R., Nishitani, K., Mochizuki, T., Tamiya, G., McCouch, S.R., and Ashikari, M.:
"Ethylene-gibberellin signaling underlies adaptation of rice to periodic flooding"
Science 361(6398): 181-186 (2018) - 7.
*Ueki, M., and Tamiya, G.:
"Smooth-threshold multivariate genetic prediction with unbiased model selection"
Genetic Epidemiology 40(3): 233-243 (2016) - 8.
*Kuriyama, S., Yaegashi, N., et al. (Tamiya, G.; 11th in 58 authors):
"The Tohoku Medical Megabank Project: Design and Mission"
Journal of Epidemiology 26(9): 493–511 (2016) - 9.
*Tamiya, G., Makino, S., Hayashi, M., Abe, A., Numakura, C., Ueki, M., Tanaka, A., Ito, C., Toshimori, K., Ogawa, N., Terashima, T., Maegawa, H., Yanagisawa, D., Tooyama, I., Tada, M., Onodera, O., and Hayasaka, K.:
"A mutation of COX6A1 causes a recessive axonal or mixed form of Charcot-Marie-Tooth disease"
American Journal of Human Genetics 95(3): 294-300 (2014) - 10.
*Ueki, M., and Tamiya, G.:
"Ultrahigh-dimensional variable selection method for whole-genome gene-gene interaction analysis"
BMC Bioinformatics 13(1): 72 (2012)
研究成果(プレスリリース)
-
2024年6月12日
BMI×ゲノムで2型糖尿病の遺伝的リスク予測精度を向上 -
2019年10月17日
イネの収量に関わる遺伝子の同定
関連リンク
メンバーリスト
主宰者
- 田宮 元
- チームリーダー
メンバー
- 松崎 素道
- 副チームリーダー
- 松岡 光
- 研究員
- 櫻井 利恵子
- 研究員
- MINN Aye Ko Ko
- 特別研究員
- 渡邉 誠
- テクニカルスタッフⅠ
- 村田 千明
- テクニカルスタッフⅠ
- 長壁 早弥子
- テクニカルスタッフⅡ
- KOTSAR Yurii
- テクニカルスタッフⅡ
- 高橋 孝幸
- 客員研究員
- 三澤 計治
- 客員研究員
- 髙山 順
- 客員研究員
- 植木 優夫
- 客員研究員
- 鈴木 永久
- 客員研究員
- 船山 貴光
- 客員研究員
- 岩﨑 淳也
- 客員研究員
- 最相 大輔
- 客員研究員
- 城田 松之
- 客員研究員
- 柏田 祐樹
- 研修生
お問い合わせ先
Email: gen.tamiya [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。