当サイトは、Javascriptを使用しています。Javascriptを無効にして閲覧した場合、コンテンツが正常に動作しないおそれやページが表示されない場合があります。当サイトをご利用の際には、Javascriptを有効にして閲覧下さい。

生命機能科学研究センター発生動態研究チーム

チームディレクター大浪修一（D.V.M., Ph.D.）

English Page

研究概要

多細胞生物の発生は時間的空間的に動的な過程です。受精卵と呼ばれる一つの細胞は細胞分裂を繰り返して様々な機能を持つ細胞を作り、それらが特定の位置に配置されることにより、複雑な構造を持つ器官や個体が作られます。このような時間的空間的に動的な過程のメカニズムを理解するためには、現象の定量化と数理モデル化、計算機シミュレーションを組み合わせた定量的計算科学的アプローチが有効です。当研究チームは、分子細胞生物学、生物物理学、ゲノム科学、計算科学、数理科学等の研究手法を統合的に用い、線虫C. elegans胚やマウス胚、立体培養系等をモデル系として発生システムの数理モデルを構築し、多細胞生物の発生のメカニズムの解明を目指します。

研究主分野

総合生物

研究関連分野

情報学

キーワード

データ駆動モデリング
コンピュータ・シミュレーション
バイオイメージ・インフォマティクス
線虫
データベース

主要論文

1. Kyoda, K., Itoga, H., Yamagata, Y., Fujisawa, E., Wang, F., Miranda-Miranda, M., Yamamoto, H., Nakano, Y., Tohsato, Y., and Onami, S.:
"SSBD: an ecosystem for enhanced sharing and reuse of bioimaging data"
Nucleic Acids Res. gkae860 (2024). doi: 10.1093/nar/gkae860
2. Shinkai, S., Onami, S., and Miyaguchi, T.:
"Generalized Langevin dynamics for single beads in linear elastic networks"
Phys. Rev. E 110(4), 044136 (2024). doi: 10.1103/PhysRevE.110.044136
3. Nozaki, T., Shinkai, S., Ide, S., Higashi, K., Tamura, S., Shimazoe, M. A., Nakagawa, M., Suzuki, Y., Okada, Y., Sasai, M., Onami, S., Kurokawa, K., Iida, S., and Maeshima, K.:
"Condensed but liquid-like domain organization of active chromatin regions in living human cells"
Sci. Adv. 9(14), eadf1488 (2023). doi: 10.1126/sciadv.adf1488
4. Hirata, T., Tohsato, Y., Itoga, H., Shioi, G., Kiyonari, H., Oka, S., Fujimori, T., and Onami, S.:
"NeuroGT: A brain atlas of neurogenic tagging CreER drivers for birthdate-based classification and manipulation of mouse neurons"
Cell Rep. Methods 1(3), 100012 (2021). doi: 10.1016/j.crmeth.2021.100012
5. Swedlow, J. R., Kankaanpää, P., Sarkans, U., Goscinski, W., Galloway, G., Malacrida, L., Sullivan, R. P., Härtel, S., Brown, C. M., Wood, C., Keppler, A., Paina, F., Loos, B., Zullino, S., Longo, D. L., Aime, S., and Onami, S.:
"A global view of standards for open image data formats and repositories"
Nat. Methods 18(12), 1440-1446 (2021). doi: 10.1038/s41592-021-01113-7
6. Shinkai, S., Nakagawa, M., Sugawara, T., Togashi, Y., Ochiai, H., Nakato, R., Taniguchi, Y., and Onami, S.:
"PHi-C: deciphering Hi-C data into polymer dynamics"
NAR Genom. Bioinform. 2(2), lqaa020 (2020). doi: 10.1093/nargab/lqaa020
7. Takayama, J., and Onami, S.:
"The sperm TRP-3 channel mediates the onset of a Ca2+ wave in the fertilized C. elegans oocyte"
Cell Rep. 15(3), 625-637 (2016). doi: 10.1016/j.celrep.2016.03.040
8. Tohsato, Y., Ho, K. H. L., Kyoda, K., and Onami, S.:
"SSBD: a database of quantitative data of spatiotemporal dynamics of biological phenomena"
Bioinformatics 32(22), 3471-3479 (2016). doi: 10.1093/bioinformatics/btw417
9. Kyoda, K., Adachi, E., Masuda, E., Nagai, Y., Suzuki, Y., Oguro, T., Urai, M., Arai, R., Furukawa, M., Shimada, K., Kuramochi, J., Nagai, E., and Onami, S.:
"WDDD: Worm developmental dynamics database"
Nucleic Acids Res. 41(0), D732-D737 (2013). doi: 10.1093/nar/gks1107
10. Kimura, A., and Onami, S.:
"Computer simulations and image processing reveal length-dependent pulling force as the primary mechanism for C. elegans male pronuclear migration"
Dev. Cell 8, 765-775 (2005). doi: 10.1016/j.devcel.2005.03.007