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主任研究員研究室眞貝細胞記憶研究室

主任研究員眞貝洋一（Ph.D.）

English Page

研究概要

当研究室は、エピジェネティクス制御の観点から生命現象を理解することを目標に研究を行っています。ヒストンの翻訳後修飾、特にヒストンリジン残基のメチル化制御は遺伝子の発現だけでなくDNAの修復さらにはクロマチンの構造や安定性にも重要な役割を持っています。この分子基盤を明らかにすることから、モデル動物を用いて生体内の様々な生命機能における役割を明らかにし、エピジェネティクス制御不全の視点から健康・疾患を理解しようとしています。また、エピジェネティクス制御機構をコントロールする新たな手法の開発にも取り組んでいます。

研究主分野

生物学

研究関連分野

総合生物
分子生物学

キーワード

エピジェネティクス

主要論文

1. Shimazu T*#. Yoshimoto R#. Kotoshiba K. Suzuki T. Matoba S. Hirose M. Akakabe M. Sohtome Y. Sodeoka M. Ogura A. Dohmae N. Shinkai Y*.:
"Histidine N1-position-specific methyltransferase CARNMT1 targets C3H Zinc finger proteins and modulates RNA metabolism"
Genes Dev. 37:724-742. (2023)
2. Fukuda K*. Shimi T. Shimura C. Ono T. Suzuki T. Onoue K. Okayama S. Miura H. Hiratani I. Ikeda K. Okada Y. Dohmae N. Yonemura S. Inoue A. Kimura H. Shinkai Y*.:
"Epigenetic plasticity safeguards heterochromatin configuration in mammals"
Nucleic Acids Res. 51:6190-6207. (2023)
3. Yamada A#. Hirasawa T#. Nishimura K. Shimura C. Kogo N. Fukuda K. Kato M. Yokomori M. Hayashi T. Umeda M. Yoshimura M. Iwakura Y. Nikaido I. Itohara S. Shinkai Y*.
"Derepression of inflammation-related genes link to microglia activation and neural maturation defect in a mouse model of Kleefstra Syndrome"
iScience 24:102741. (2021)
4. Fukuda K*. Shimura C. Miura H. Tanigawa A. Suzuki T. Dohmae D. Hiratani I. Shinkai Y*.
"Regulation of mammalian 3D genome organization and histone H3K9 dimethylation by H3K9 methyltransferases"
Communications Biology 4(1):571. (2021)
5. Davydova E#. Shimazu T#. Schuhmacher M.K. Jakobsson M.E. Willemen H.L.D.M. Liu T. Moen A. Ho A.Y.Y. Ma?ecki J. Schroer L. Pinto R. Suzuki T. Gronsberg I.A. Sohtome Y. Akabane M. Weirich S. Kikuchi M. Olsen J.V. Dohmae N. Umehara T. Sodeoka M. Siino V. McDonough M. Eijkelkamp N. Schofield C.J. Jeltsch A*. Shinkai Y*. Falnes P.O*.
"The methyltransferase METTL9 mediates pervasive 1-methylhistidine modification in mammalian proteomes"
Nat Commun. 2:891. (2021)
6. Tsusaka T. Shimura C. Shinkai Y*.:
"ATF7IP regulates SETDB1 nuclear localization and increases its ubiquitination"
EMBO Rep. 20:e48297. (2019)
7. Fukuda K, Okuda M, Yusa K*, Shinkai Y*.:
"A CRISPR Knockout Screen Identifies SETDB1-target Retroelement Silencing Factors in Embryonic Stem Cells"
Genome Res. 28:846-858. (2018)
8. Kato M#*, Takemoto K#, Shinkai, Y*.:
"Evidence for a general role of the histone methyltransferase Setdb1 in endogenous retrovirus silencing, not limited to early embryonic cells"
Nat Commun. 9:1683. (2018)
9. Ferry L#. Fournier A#. Tsusaka T#. Adelmant G. Shimazu T. Matano S. Kirsh O. Amouroux R. Dohmae N. Suzuki T. Filion G.J. Deng W. de Dieuleveult M. Lauriane Fritsch L.1, Kudithipudi S. Jeltsch A. Leonhardt H. Hajkova P. Marto J.A. Arita K. Shinkai Y*. Defossez P-A*.:
"Methylation of DNA Ligase 1 by G9a/GLP recruits UHRF1 to replicating DNA and regulates DNA methylation"
Mol Cell 67:550-565.e5. (2017)
10. Shirai A#. Kawaguchi T#. Shimojo H. Muramatsu D. Ishida-Yonetani M. Nishimura Y. Kimura H. Nakayama J*. Shinkai Y*.:
"Impact of nucleic acid and methylated H3K9 binding activities of Suv39h1 on its heterochromatin assembly"
Elife 6:e25317. (2017)