生命機能科学研究センター バイオコンピューティング研究チーム
チームディレクター 高橋 恒一（Ph.D.）
研究概要
当チームでは、微生物から人体まで全ての生体の働きの基礎である生化学反応経路が細胞内の分子混雑などの特異な環境でいかに動作するのかを予測する細胞シミュレーションを次世代の生命科学の基幹技術の一つととらえ、グリーン関数反応動力学法や微視格子反応拡散法など、1分子粒度の細胞計算手法や細胞シミュレーション基盤ソフトウエアE-Cellの開発を行っています。また、細胞のような超複雑な対象のモデリングのため、人工知能や機械学習技術の応用にも取り組んでいます。
主要論文
「*」は、理研外のみでの成果です。
- 1.Yachie, N., Robotic Biology Consortium (including Takahashi K), & Natsume, T.:
"Robotic crowd biology with Maholo LabDroids"
Nat. Biotechnol. 35, 310-312 (2017) - 2.Iwamoto, K., Shindo, Y., & Takahashi, K.:
"Modeling Cellular Noise Underlying Heterogeneous Cell Responses in the Epidermal Growth Factor Signaling Pathway"
PLoS Comput. Biol. 12(11), e1005222 (2016) - 3.Shindo, Y., Iwamoto, K., Mouri, K., Hibino, K., Tomita, M., et al.:
"Conversion of graded phosphorylation into switch-like nuclear translocation via autoregulatory mechanisms in ERK signalling"
Nat. Commun. 7, 10485 (2016) - 4.Takahashi, K., Itaya, K., Nakamura, M., Koizumi, M., Arakawa, N., et al.:
"A generic software platform for brain-inspired cognitive computing"
Proc Comput Sci (2015) - 5.Karr, J. R., Takahashi, K. & Funahashi, A.:
"The principles of whole-cell modeling"
Curr. Opin. Microbiol. 27, 18-24 (2015) - 6.Watabe, M., Arjunan, S. N. V., Fukushima, S., Iwamoto, K., Kozuka, J., et al.:
"A Computational Framework for Bioimaging Simulation"
PLoS One 10, e0130089 (2015) - 7.Shimo, H., Arjunan, S. N. V., Machiyama, H., Nishino, T., Suematsu, M., et al.:
"Particle Simulation of Oxidation Induced Band 3 Clustering in Human Erythrocytes"
PLoS Comput. Biol. 11, UNSP e1004 (2015) - 8.Kaizu, K., Ronde, W., Paijmans, J., Takahashi, K., Tostevin, F. & Wolde, P. R.:
"The Berg-Purcell Limit Revisited"
Biophys. J. 106, 976-985 (2014) - 9.Hihara, S., Pack, C., Kaizu, K., Tani, T., Hanafusa, T., et al.:
"Local Nucleosome Dynamics Facilitate Chromatin Accessibility in Living Mammalian Cells"
Cell Reports 2, 1645-1656 (2012) - 10.*Takahashi, K., Tanase-Nicola, S. & Wolde, P. R.:
"Spatio-temporal correlations can drastically change the response of a MAPK pathway"
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 107, 2473-2478 (2010)
研究成果（プレスリリース）
2025年3月31日
生きた細胞内で「ユークロマチン」と「ヘテロクロマチン」のふるまいを見分ける新技術を開発
2024年2月20日
システム生物学のためのメタバース活用法
2024年2月19日
細胞内の多階層ネットワークの可視化技術を開発
2023年12月25日
周りを見て考えて手を動かす自動実験ロボ
2023年11月30日
ヒューマノイドロボットは再生医療の現場へ
2022年6月28日
再生医療用細胞レシピをロボットとAIが自律的に試行錯誤
2021年6月28日
生命科学実験の効率的な自動化を実現するスケジューリング手法を開発
2020年12月4日
ヒューマノイドロボットとAIによる自律細胞培養
関連リンク
- バイオコンピューティング研究チーム｜生命機能科学研究センター
- 脳のモデル化で、科学のプロセスを自動化する
- 2022年11月4日クローズアップ科学道 「研究最前線：DXとAIが新しい科学の世界を切り開く」
メンバーリスト
主宰者
- 高橋 恒一
- チームディレクター
メンバー
- 海津 一成
- 上級研究員
- 田中 信行
- 上級技師
- 落合 幸治
- 研究員
- JACOPIN Eliott Gerard Raymond
- 特別研究員
- SU Shiwei
- 特別研究員
- 西田 孝三
- 技師
- 阿住 和哉
- テクニカルスタッフⅠ
採用情報
| 募集職種 | 応募締切 |
|---|---|
| パートタイマー募集（BDR-23-109） | ポストが決まり次第 |
| 上級研究員・研究員・特別研究員・リサーチアソシエイト・ 上級技師・技師・テクニカルスタッフⅠ募集（BDR-23-097） | ポストが決まり次第 |
お問い合わせ先
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