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バイオリソース研究センター(BRC® 植物-微生物共生研究開発チーム

チームリーダー 市橋 泰範(Ph.D.)

研究概要

市橋 泰範 (Ph.D.)

植物が生育する土壌は、地球上で最も微生物が豊富であり、菌根菌などの植物と共生する微生物がいます。植物-微生物の共生関係の理解が進めば、地球規模での持続可能な食料供給や環境負荷軽減への貢献が期待できます。本チームでは、サイバー空間上で農業生態系をシミュレーションするシステム「農業デジタルツイン」の開発、農業をエンジニアリングするソリューションである「共生微生物リソース」の開発を行うことにより、農業を取り巻く生態系の実態解明と産業利用につながる研究開発を進めます。

研究主分野

  • 生物学

研究関連分野

  • 農学
  • 複合領域

キーワード

  • 植物-微生物共生
  • マルチオミクス
  • 農業デジタルツイン
  • 共生微生物リソース
  • 21世紀の緑の革命

主要論文

  • 1. Miyamoto H, Shigeta K, Suda W, Ichihashi Y, Nihei N, Matsuura M, Tsuboi A, Tominaga N, Aono M, Sato M, Taguchi S, Nakaguma T, Tsuji N, Ishii C, Matsushita T, Shindo C, Ito T, Kato T, Kurotani A, Shima H, Moriya S, Wada S, Horiuchi S, Satoh T, Mori K, Nishiuchi T, Miyamoto H, Kodama H, Hattori M, Ohno H, Kikuchi J, Yokota Hirai M.:
    "An agroecological structure model of compost – soil - plant interactions for sustainable organic farming"
    ISME COMMUN. 3, 28 (2023)
  • 2. Fujiwara F, Miyazawa K, Nihei N, Ichihashi Y.:
    "Agroecosystem Engineering Extended from Plant-Microbe Interactions Revealed by Multi-Omics Data"
    Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 87(1), 21-27 (2023)
  • 3. Dang T, Kumaishi K, Usui E, Kobori S, Sato T, Toda Y, Yamasaki Y, Tsujimoto H, Ichihashi Y, Iwata H.:
    "Stochastic variational variable selection for high-dimensional microbiome data"
    Microbiome 10(1), 236 (2022)
  • 4. Kumaishi K, Usui E, Suzuki K, Kobori S, Sato T, Toda Y, Takanashi H, Shinozaki S, Noda M, Takakura A, Matsumoto K, Yamasaki Y, Tsujimoto H, Iwata H, Ichihashi Y.:
    "High throughput method of 16S rRNA gene sequencing library preparation for plant root microbial community profiling"
    Sci. Rep. 12, 19289 (2022)
  • 5. Choi SW, Kumaishi K, Motohashi R, Enoki H, Chacuttayapong W, Takamizo T, Saika H, Endo E, Yamada T, Hirose A, Koizuka N, Kimura S, Kawakatsu Y, Koga H, Ito E, Shirasu K, Ichihashi Y.:
    "Oxicam-type nonsteroidal anti-inflammatory drugs enhance Agrobacterium-mediated transient transformation in plants"
    Plant Biotechnology 39(3), 323-327 (2022)
  • 6. Fujii T, Minami M, Watanabe T, Sato Takumi Kumaishi K, Ichihashi Y.:
    "Characterization of inter-annual changes in soil microbial lora of Panax ginseng cultivation fields in Shimane Prefecture of Western Japan by DNA metabarcoding using next-generation sequencing"
    J. Nat. Med. 75, 1067–1079 (2021)
  • 7. Ichihashi Y, Date Y, Shino A, Shimizu T, Shibata A, Kumaishi K, Funahashi F, Wakayama K, Yamazaki K, Umezawa A, Sato T, Kobayashi M, Kamimura M, Kusano M, Che F-S, O`Brien M, Tanoi K, Hayashi M, Nakamura R, Shirasu K, Kikuchi J, Nihei N.:
    "Multi-omics analysis on an agroecosystem reveals the significant role of organic nitrogen to increase agricultural crop yield"
    Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 117(25), 14552-14560 (2020)
  • 8. Notaguchi M, Kurotani K, Sato Y, Tabata R, Kawakatsu Y, Okayasu K, Sawai Y, Okada R, Asahina M, Ichihashi Y, Shirasu K, Suzuki T, Niwa M, Higashiyama T.:
    "Cell–cell adhesion in plant grafting is facilitated by β-1,4-glucanases"
    Science 369(6504), 698-702 (2020)
  • 9. Toju H, Peay KG, Yamamichi M, Narisawa K, Hiruma K, Naito K, Fukuda S, Ushio M, Nakaoka S, Onoda Y, Yoshida K, Schlaeppi K, Bai Y, Sugiura R, Ichihashi Y, Minamisawa K, Kiers ET.:
    "Core microbiomes for sustainable agroecosystems"
    Nat. Plants 4, 247-257 (2018)
  • 10. Ichihashi Y, Fukushima A, Shibata A, Shirasu K.:
    "High Impact Gene Discovery: Simple Strand-Specific mRNA Library Construction and Differential Regulatory Analysis Based on Gene Co-Expression Network"
    Methods Mol. Biol. 1830, 163-189 (2018)

研究成果(プレスリリース)

刊行物

関連リンク

メンバーリスト

主宰者

市橋 泰範
チームリーダー

メンバー

成川 恵
開発研究員
矢部 修平
開発研究員
山﨑 真一
特別研究員
大熊 直生
基礎科学特別研究員
熊石 妃恵
テクニカルスタッフⅡ
能勢 結衣
テクニカルスタッフⅡ
藤原 風輝
大学院生リサーチ・アソシエイト

お問い合わせ先

〒305-0074 茨城県つくば市高野台3-1-1
バイオリソース棟
Email: yasunori.ichihashi [at] riken.jp
※[at]は@に置き換えてください。

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