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生命医科学研究センターがんゲノム研究チーム

チームリーダー中川英刀（M.D., Ph.D）

英語ページ

研究概要

次世代DNAシークエンス技術の驚異的な進歩により、個人の全ゲノム解読が安価で迅速に行えるようになりつつあります。がんはゲノムの異常に基づく病気であり、がんのゲノム異常を標的とした様々な分子標的薬が開発され、また、ゲノムの変異や多型に応じてがん発症のリスク予想も行われつつあり、治療・診断・予防といった点で個別化が進められようとしています。我々のチームでは、最新の次世代シークエンサーとその応用技術を駆使して、がんや遺伝性疾患などの様々なヒトの病気に関わるゲノム解析（全ゲノム、全エクソーム、RNAシークエンス）を大規模に行っており、遺伝子多型や変異と病気・薬剤反応性の関連を明らかにするためのゲノム基盤情報を構築し、それらの生物学的・免疫学的・臨床的意義の機能的解析も行っています。さらには、国際共同プロジェクトである国際がんゲノムコンソーシアム（ICGC）に参画して、がんとゲノムに関わるゲノムデータベースの構築にも携わっており、ゲノム情報を用いたがんの個別化医療の実現を目指しています。

研究主分野

医歯薬学

研究関連分野

情報学
総合生物
生物学

キーワード

がんゲノム
ゲノム医療
次世代シークエンサー
がん免疫ゲノム

主要論文

1.Xue R, Chen L, Zhang C, Fujita M, Li R, Yan SM, Ong CK, Liao X, Gao Q, Sasagawa S, Li Y, Wang J, Guo H, Huang QT, Zhong Q, Tan J, Qi L, Gong W, Hong Z, Li M, Zhao J, Peng T, Lu Y, Lim KHT, Boot A, Ono A, Chayama K, Zhang Z, Rozen SG, Teh BT, Wang XW, Nakagawa H,^* Zeng MS,^* Bai F^* and Zhang N.:
"Genomic and transriptomic profiling of combined hepatocellular and intrahepatic chongiocarcinoma reveals distinct molecular subtypes."
Cancer Cell35: 932-947 (2019)
2.Nguyen DT, Nakagawa H, Nguyen HH, Nguyen Hai Ha, Nguyen Thuy Duong, Vu Phuong Nhung, Le Thi Thu Hien, Huynh Thi Thu Hue, Nguyen Huy Hoang, Jing Hao Wong, Nakano K, Maejima K, Sasaki-Oku A, Tsunoda T, Fujimoto A, and Nong Van Hai.:
"Whole genome sequencing and mutation rate analysis of Vietnamese trios with paternal dioxin exposure."
Human Mutation39:1384-1382 (2018)
3.Furuta M, Tanaka H, Shiraishi Y, Unida T, Imamura M, Fujimoto A, Fujita M, Oku-Sasaki A, Maejima K, Nakano K, Kawakami Y, Arihiro K, Aikata H, Ueno M, Hayami S, Ariizumi S, Yamamoto M, Gotoh K, Ohdan H, Yamaue H, Miyano S, Chayama K, and Nakagawa H.:
"Characterization of HBV integration patterns and timing in liver cancer and HBV-infected liver."
Oncotarget 9:25075-25088 (2018)
4.VanderWeele DJ, Finney R, Katayama K, Gillard M, Paner G, Imoto S, Yamaguchi R, Wheeler D, Cam M, Pontier A, Maejima K, Sasaki-Oku A, Nakano K, Tanaka H, Kubo M, Ratain MJ, Miyano S, and Nakagawa H.:
"Genomic heterogeneity within individual prostate cancer foci impacts predictive biomarkers of targeted therapy."
Eur Urol Focus S2405-4569(18)30007-5 (2018)
5.Wardell CP, Fujita M, Yamada T, Simbolo M, Fassan M, Karlic R, Polak P, Kim J, Hatanaka Y, Maejima K, Lawlor RT, Nakanishi Y, Mitsuhashi T, Fujimoto A, Furuta M, Ruzzenente A, Conci S, Oosawa A, Sasaki-Oku A, Nakano K, Tanaka H, Yamamoto Y, Kubo M, Kawakami Y, Aikata H, Ueno M, Hayami S, Gotoh K, Ariizumi S, Yamamoto M, Yamaue H, Chayama K, Miyano S, Getz G, Scarpa A, Hirano S, Nakamura T, and Nakagawa H.:
"Genomic characterization of biliary tract cancers identifies their driver genes and predisposing mutations."
J Hepatol 68:959-969 (2018)
6.Fujita M, Matsubara N, Matsuda I, Maejima K, Oosawa A, Yamano T, Fujimoto A, Furuta M, Nakano K, Oku-Sasaki A, Tanaka H, Shiraishi Y, Mateos RN, Nakai K, Miyano S, Tomita N, Hirota S, Ikeuchi H, and Nakagawa H.:
"Genomic landscape of colitis-associated cancer indicates the impact of chronic inflammation and its stratification by mutations in RNF43 and Wnt signaling."
Oncotarget 9:969-981 (2017)
7.Furuta M, Ueno M, Fujimoto A, Hayami S, Yasukawa S, Kojima F, Arihiro K, Kawakami Y, Wardell CP, Shiraishi Y, Tanaka H, Nakano K, Maejima K, Sasaki-Oku A, Tokunaga N, Boroevich KA, Abe T, Aikata H, Ohdan H, Gotoh K, Kubo M, Tsunoda T, Miyano S, Chayama K, Yamaue H, and Nakagawa H.:
"Whole genome sequencing discriminates hepatocellular carcinoma with intrahepatic metastasis from multi-centric tumors"
J Hepatol 66: 363-373 (2017)
8.Alexandrov LB, Ju Y, Haase K, Van Loo P, Martincorena I, Nik-Zainal S, Totoki Y, Fujimoto A, Nakagawa H, Shibata T, Campbell PJ, Vineis P, Phillips DH, and Stratton MR.:
"Mutational signatures associated with tobacco smoking in human cancer."
Science 354:618-622 (2016)
9.Fujimoto A, Furuta M, Totoki Y, Tsunoda T, Kato M, Shiraishi Y, Tanaka H, Taniguchi H, Kawakami Y, Ueno M, Gotoh K, Ariizumi S, Wardell CP, Hayami S, Nakamura T, Aikata H, Arihiro K, Boroevich KA, Abe T, Nakano N, Maejima K, Sasaki-Oku A, Ohsawa A, Shibuya T, Nakamura H, Hama N, Hosoda F, Arai Y, Ohashi S, Urushidate T, Nagae G, Yamamoto S, Ueda H, Tatsuno K, Ojima H, Hiraoka N, Okusaka T, Kubo M, Marubashi S, Yamada T, Hirano S, Yamamoto M, Ohdan H, Shimada K, Ishikawa O, Yamaue H, Chayama K, Miyano S, Aburatani H, Shibata T, and Nakagawa H.:
"Whole genome mutational landscape and characterization of non-coding and structural mutations in liver cancer."
Nat Genet 48: 500-509 (2016)
10.Wang M, Takahashi A, Liu F, Ye D, Ding Q, Qin C, Yin C, Zhang Z, Matsuda K, Kubo M, Na R, Lin X, Jiang H, Ren S, Sun J, Zheng SL, Le Marchand L, Isaacs WB, Mo1 Z, Haiman CA, Sun Y, Nakagawa H, and Xu J.:
"Large-scale association analysis in Asians identifies new susceptibility loci for prostate cancer."
Nat Commun 6:8469 (2015)