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生命医科学研究センターがんゲノム研究チーム

チームリーダー中川英刀（M.D., Ph.D）

English Page

研究概要

がんはゲノムの異常に基づく病気であり、がんのゲノム異常を標的とした様々な分子標的薬が開発され、また、ゲノムの変異や多型に応じてがん発症のリスク予想も行われつつあり、治療・診断・予防といった点で個別化が進められようとしています。そして免疫療法の効果が実証されたように、がんは免疫の病気でもあります。我々のチームでは、最新の次世代シークエンサーとその応用技術を駆使して、がんや遺伝性疾患などの様々なヒトの病気に関わるゲノム解析（全ゲノムやRNAシークエンス）や免疫解析を行っており、遺伝子多型や変異と病気・治療反応性の関連を明らかにするためのゲノム基盤情報を構築し、それらの生物学的・免疫学的・臨床的意義の機能的解析も行っています。さらには、国際がんゲノムコンソーシアム（ICGC）に参画して、がんとゲノムに関わるデータベースの構築にも携わってきており、ゲノム情報を用いたがんの個別化医療の実現を目指しています。

研究主分野

医歯薬学

研究関連分野

情報学
総合生物
生物学

キーワード

がんゲノム
ゲノム医療
次世代シークエンサー
がん免疫ゲノム

主要論文

1. Okawa Y, Iwasaki Y, Johnson TA, Ebata N, Inai C, Endo M, Maejima K, Sasagawa S,　Fujita M, Matsuda K, Murakami Y, Nakamura T, Hirano S, Momozawa Y and Nakagawa H.:
"Hereditary cancer variants and homologous recombination deficiency in biliary tract cancers."
J Hepatol. 78(2):333-342 (2023)
2. Fujita M, Chen MM, Siwak DR, Sasagawa S, Arihiro M, Arihiro K, Ono A, Miura R, Osawa-Tatsuguchi A,　Maejima K, Aikata H, Ueno M, Hayami S, Yamaue H, Chayama K, Lu Y, Liang H, Nishizuka SS, and Nakagawa H.:
"Proteogenomic characterization of virus-associated liver cancers reveals potential subtypes and therapeutic targets."
Nat Commun. 13(1):6481 (2022)
3. Sasagawa S, Kato H, Nagaoka K, Sun C, Imano M, Sato T, Johnson TA, Fujita M, Maejima K, Okawa Y, Kakimi K, Yasuda T, and Nakagawa H.:
"Immuno-genomic profiling of biopsy specimens predicts neoadjuvant chemotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma."
Cell Rep Med. 3(8):100705 (2022)
4. The ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes Consortium.:
"Pan-cancer analysis of whole genomes."
Nature 578(7793):82-93 (2020)
5. Yuan Y, Ju YS, Kim Y, Li J, Wang Y, Yang Y, Martincorena I, Creighton CJ, Weinstein JN, Xu Y, Kim H, Nakagawa H, Park K, Campbell PJ, Liang H, on behalf of the PCAWG Mitochondrial Genome Working Group and The PCAWG Network.:
"Comprehensive molecular characterization of mitochondrial genomes in human cancers."
Nat Genet. 52(3):342-352 (2020)
6. Fujimoto A, Fujita M, Maejima K, Hasegawa T, Nakano K, Oku-Sasaki A, Wong J, Shiraishi Y, Miyano S, Imoto S, Akagi T, and Nakagawa H.:
"Comprehensive analysis of indels in whole-genome microsatellite regions and microsatellite instability across 21 cancer types."
Genome Res. 30: 334-346 (2020)
7. Fujita M, Yamaguchi R, Hasegawa T, Shimada S, Arihiro K, Hayashi S, Maejima K, Nakano K, Fujimoto A, Ono A, Aikata H, Ueno M, Hayami S, Tanaka H, Miyano S, Yamaue H, Chayama K, Kakimi K, Tanaka S, Imoto S, and Nakagawa H.:
"Classification of primary liver cancer with immunosuppression mechanisms and correlation with genomic alterations."
EBioMed. 53: 102659 (2020)
8. Takata　R, Takahashi A, Fujita M, Momozawa Y, Saunders EJ, Yamada H, Maejima K, Nakano K, Yamaji T, Sawada N, Iwasaki M, Tsugane S, Sasaki M, Shimizu A, Tanno K, Minegishi N, Suzuki K, Matsuda K, Kubo K, Inazawa J, Egawa S, Haiman CA, Ogawa O, Obara W, Kamatani Y, Akamatsu S, and Nakagawa H.:
"12 new susceptibility loci for prostate cancer identified by genome-wide association study in Japanese population."
Nat Commun. 10:4422 (2019)
9. Wardell CP, Fujita M, Yamada T, Simbolo M, Fassan M, Karlic R, Polak P, Kim J, Hatanaka Y, Maejima K, Lawlor RT, Nakanishi Y, Mitsuhashi T, Fujimoto A, Furuta M, Ruzzenente A, Conci S, Oosawa A, Sasaki-Oku A, Nakano K, Tanaka H, Yamamoto Y, Kubo M, Kawakami Y, Aikata H, Ueno M, Hayami S, Gotoh K, Ariizumi S, Yamamoto M, Yamaue H, Chayama K, Miyano S, Getz G, Scarpa A, Hirano S, Nakamura T, and Nakagawa H.:
"Genomic characterization of biliary tract cancers identifies their driver genes and predisposing mutations."
J Hepatol 68:959-969 (2018)
10. Fujimoto A, Furuta M, Totoki Y, Tsunoda T, Kato M, Shiraishi Y, Tanaka H, Taniguchi H, Kawakami Y, Ueno M, Gotoh K, Ariizumi S, Wardell CP, Hayami S, Nakamura T, Aikata H, Arihiro K, Boroevich KA, Abe T, Nakano N, Maejima K, Sasaki-Oku A, Ohsawa A, Shibuya T, Nakamura H, Hama N, Hosoda F, Arai Y, Ohashi S, Urushidate T, Nagae G, Yamamoto S, Ueda H, Tatsuno K, Ojima H, Hiraoka N, Okusaka T, Kubo M, Marubashi S, Yamada T, Hirano S, Yamamoto M, Ohdan H, Shimada K, Ishikawa O, Yamaue H, Chayama K, Miyano S, Aburatani H, Shibata T, and Nakagawa H.:
"Whole genome mutational landscape and characterization of non-coding and structural mutations in liver cancer."
Nat Genet 48: 500-509 (2016)