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生命医科学研究センターヒト免疫遺伝研究チーム

チームリーダー石垣和慶（M.D., Ph.D.）

英語ページ

研究概要

私たちの免疫機能はゲノム配列の個人差（多型）によって規定されています。近年、特定の多型が免疫疾患の発症に関与することが明らかとなり、ゲノム研究による創薬（ゲノム創薬）が注目されています。しかし、免疫システムは非常に複雑であり、これらのリスク多型の免疫学的機能は解明されておらず、ゲノム創薬の成功例は少ないのが現状です。私たちの研究室は、ゲノム編集・シングルセル解析・マルチオミックスなどの最新の実験技術を活用して、免疫疾患のリスク多型の機能解明をとおして新しい創薬標的を同定することを目指しています。

研究主分野

医歯薬学

研究関連分野

情報学
複合領域
総合生物
生物学

キーワード

ゲノム機能学
ゲノムワイド関連解析
ゲノム編集
シングルセル解析
T細胞受容体

主要論文

「*」は、理研外のみでの成果です。

1. *Ishigaki K, Lagattuta KA, Luo Y, James EA, Buckner JH, Raychaudhuri S.
"HLA autoimmune risk alleles restrict the hypervariable region of T cell receptors."
Nature Genetics. 54(4):393-402 (2022)
2. *Lagattuta KA, Kang JB, Nathan A, Pauken KE, Jonsson AH, Rao DA, Sharpe AH, Ishigaki K (co-corresponding author), Raychaudhuri S.
"Repertoire analyses reveal T cell antigen receptor sequence features that influence T cell fate."
Nature Immunology. 23(3):446-457 (2022)
3. *Nathan A, Asgari S, Ishigaki K, Valencia C, Amariuta T, Luo Y, Beynor JI, Baglaenko Y, Suliman S, Price AL, Lecca L, Murray MB, Moody DB, Raychaudhuri S.
"Single-cell eQTL models reveal dynamic T cell state dependence of disease loci."
Nature. 606(7912):120-128 (2022)
4. *Ota M, Nagafuchi Y, Hatano H, Ishigaki K, Terao C, Takeshima Y, Yanaoka H, Kobayashi S, Okubo M, Shirai H, Sugimori Y, Maeda J, Nakano M, Yamada S, Yoshida R, Tsuchiya H, Tsuchida Y, Akizuki S, Yoshifuji H, Ohmura K, Mimori T, Yoshida K, Kurosaka D, Okada M, Setoguchi K, Kaneko H, Ban N, Yabuki N, Matsuki K, Mutoh H, Oyama S, Okazaki M, Tsunoda H, Iwasaki Y, Sumitomo S, Shoda H, Kochi Y, Okada Y, Yamamoto K, Okamura T, Fujio K.
"Dynamic landscape of immune cell-specific gene regulation in immune-mediated diseases."
Cell. 27;184(11):3006-3021.e17 (2021)
5. Ishigaki K, Akiyama M, Kanai M, Takahashi A, Kawakami E, Sugishita H, Sakaue S, Matoba N, Low SK, Okada Y, Terao C, Amariuta T, Gazal S, Kochi Y, Horikoshi M, Suzuki K, Ito K, Koyama S, Ozaki K, Niida S, Sakata Y, Sakata Y, Kohno T, Shiraishi K, Momozawa Y, Hirata M, Matsuda K, Ikeda M, Iwata N, Ikegawa S, Kou I, Tanaka T, Nakagawa H, Suzuki A, Hirota T, Tamari M, Chayama K, Miki D, Mori M, Nagayama S, Daigo Y, Miki Y, Katagiri T, Ogawa O, Obara W, Ito H, Yoshida T, Imoto I, Takahashi T, Tanikawa C, Suzuki T, Sinozaki N, Minami S, Yamaguchi H, Asai S, Takahashi Y, Yamaji K, Takahashi K, Fujioka T, Takata R, Yanai H, Masumoto A, Koretsune Y, Kutsumi H, Higashiyama M, Murayama S, Minegishi N, Suzuki K, Tanno K, Shimizu A, Yamaji T, Iwasaki M, Sawada N, Uemura H, Tanaka K, Naito M, Sasaki M, Wakai K, Tsugane S, Yamamoto M, Yamamoto K, Murakami Y, Nakamura Y, Raychaudhuri S, Inazawa J, Yamauchi T, Kadowaki T, Kubo M, Kamatani Y.
"Large-scale genome-wide association study in a Japanese population identifies novel susceptibility loci across different diseases."
Nature Genetics. 52(7): 669-679 (2020)
6. Terao C, Suzuki A, Momozawa Y, Akiyama M, Ishigaki K, Yamamoto K, Matsuda K, Murakami Y, McCarroll SA, Kubo M, Loh PR, Kamatani Y.
"Chromosomal alterations among age-related haematopoietic clones in Japan."
Nature. 584(7819): 130-135 (2020)
7. *Amariuta T, Ishigaki K (co-first author), Sugishita H, Ohta T, Koido M, Dey KK, Matsuda K, Murakami Y, Price AL, Kawakami E, Terao C, Raychaudhuri S.
"Improving the trans-ancestry portability of polygenic risk scores by prioritizing variants in predicted cell-type-specific regulatory elements."
Nature Genetics. 52(12): 1346-1354 (2020)
8. Akiyama M, Ishigaki K, Sakaue S, Momozawa Y, Horikoshi M, Hirata M, Matsuda K, Ikegawa S, Takahashi A, Kanai M, Suzuki S, Matsui D, Naito M, Yamaji T, Iwasaki M, Sawada N, Tanno K, Sasaki M, Hozawa A, Minegishi N, Wakai K, Tsugane S, Shimizu A, Yamamoto M, Okada Y, Murakami Y, Kubo M, Kamatani Y.
"Characterizing rare and low-frequency height-associated variants in the Japanese population."
Nature Communications. 27;10(1): 4393 (2019)
9. Ishigaki K, Kochi Y, Suzuki A, Tsuchida Y, Tsuchiya H, Sumitomo S, Yamaguchi K, Nagafuchi Y, Nakachi S, Kato R, Sakurai K, Shoda H, Ikari K, Taniguchi A, Yamanaka H, Miya F, Tsunoda T, Okada Y, Momozawa Y, Kamatani Y, Yamada R, Kubo M, Fujio K, Yamamoto K.
"Polygenic burdens on cell-specific pathways underlie the risk of rheumatoid arthritis."
Nature Genetics. 49(7):1120-1125 (2017)
10. *Ishigaki K, Shoda H, Kochi Y, Yasui T, Kadono Y, Tanaka S, Fujio K, Yamamoto K.
"Quantitative and qualitative characterization of expanded CD4+ T cell clones in rheumatoid arthritis patients."
Scientific Reports. 6;5:12937 (2015)